Пакет: minia (3.2.6-4 и другие)
Ссылки для minia
Ресурсы Debian:
- Сообщения об ошибках
- Developer Information
- Debian журнал изменений
- Файл авторских прав
- Отслеживание заплат Debian
Исходный код minia:
Сопровождающие:
- Debian Med Packaging Team (Страница КК, Почтовый архив)
- Olivier Sallou (Страница КК)
- Andreas Tille (Страница КК)
- Steffen Moeller (Страница КК)
Внешние ресурсы:
- Сайт [minia.genouest.org]
Подобные пакеты:
short-read biological sequence assembler
What was referred to as "next-generation" DNA sequencing up to the year 2020 delivered only "short" reads up to ~600 base pairs in length that would then have to be puzzled by random overlaps in their sequence towards a complete genome. This is the genome assembly. And there are many biological pitfalls on long stretches of low complexity regions and copy number variations and other sorts of redundancies that render this difficult.
This package provides a short-read DNA sequence assembler based on a de Bruijn graph, capable of assembling a human genome on a desktop computer in a day.
The output of Minia is a set of contigs, i.e. stretches of gap-free linear overlaps of short reads. In the best possible case this is a whole chromosome.
Minia produces results of similar contiguity and accuracy to other de Bruijn assemblers (e.g. Velvet).
Другие пакеты, относящиеся к minia
|
|
|
|
-
- dep: bc
- калькулятор GNU bc произвольной точности
-
- dep: libc6 (>= 2.24) [sh4]
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, m68k, sh4]
- dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
-
- dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2) [amd64]
- dynamic library of the Genome Analysis Toolbox
- dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg) [не amd64, m68k, sh4]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не hppa, ia64, m68k, sh4]
- вспомогательная библиотека GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- вспомогательная библиотека GCC
-
- dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]
- Пакет недоступен
-
- dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]
- Пакет недоступен
-
- dep: libhdf5-103-1 [hppa]
- HDF5 C runtime files - serial version
-
- dep: libhdf5-103-1t64 [не hppa, m68k, sh4]
- HDF5 C runtime files - serial version
-
- dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]
- стандартная библиотека GNU C++ версии 3
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не hppa, m68k, sh4]
- dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sh4]
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- library to determine the call-chain of a program - runtime
-
- dep: zlib1g [не m68k, sh4]
- библиотека сжатия
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4) [m68k, sh4]
-
- rec: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
-
- sug: bandage
- Bioinformatics Application for Navigating De novo Assembly Graphs Easily
Загрузка minia
| Архитектура | Версия | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
|---|---|---|---|---|
| alpha (неофициальный перенос) | 3.2.6-4+b1 | 389,1 Кб | 827,0 Кб | [список файлов] |
| amd64 | 3.2.6-4+b1 | 391,1 Кб | 745,0 Кб | [список файлов] |
| arm64 | 3.2.6-4+b1 | 384,2 Кб | 825,0 Кб | [список файлов] |
| hppa (неофициальный перенос) | 3.2.6-2 | 400,6 Кб | 744,0 Кб | [список файлов] |
| ia64 (неофициальный перенос) | 3.2.6-4+b1 | 400,4 Кб | 941,0 Кб | [список файлов] |
| m68k (неофициальный перенос) | 1.6906-2 | 173,6 Кб | 298,0 Кб | [список файлов] |
| mips64el | 3.2.6-4+b1 | 382,4 Кб | 844,0 Кб | [список файлов] |
| ppc64 (неофициальный перенос) | 3.2.6-4+b1 | 391,9 Кб | 889,0 Кб | [список файлов] |
| ppc64el | 3.2.6-4+b1 | 392,5 Кб | 825,0 Кб | [список файлов] |
| riscv64 | 3.2.6-4+b1 | 388,9 Кб | 689,0 Кб | [список файлов] |
| sh4 (неофициальный перенос) | 1.6906-2 | 192,8 Кб | 291,0 Кб | [список файлов] |
| sparc64 (неофициальный перенос) | 3.2.6-4+b1 | 379,3 Кб | 2 431,0 Кб | [список файлов] |
| x32 (неофициальный перенос) | 3.2.6-4+b1 | 391,2 Кб | 707,0 Кб | [список файлов] |