Paquet : minia (3.2.6-4 et autres)

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Page d'accueil [minia.genouest.org]

Paquets similaires :

assembleur de lectures courtes de séquences biologiques

Ce qui était mentionné comme séquençage « nouvelle génération » d’ADN jusqu’à 2020 produisait seulement des lectures « courtes » jusqu’à environ 600 paires de base en longueur qui devaient être entremêlées selon des chevauchements aléatoires dans leur séquence pour obtenir un génome complet. C’est l’assemblage de génome, mais il existe de nombreux écueils biologiques sur de longs tronçons de régions sans grande complexité et de variations de nombre de copies et d’autres sortes de redondance qui rendent cela difficile.

Ce paquet fournit un assembleur de lectures courtes de séquences d’ADN basé sur le graphe de Bruijn, capable d’assembler le génome humain sur un ordinateur de bureau en un jour.

La sortie de Minia est un ensemble de contigs, c’est-à-dire de tronçons de chevauchements linéaires sans trou de lectures courtes. Dans le meilleur des cas, il s’agit du chromosome entier.

Minia produit des résultats de contiguïté et de précision similaires à ceux des autres assembleurs de Bruijn (par exemple, Velvet).

Autres paquets associés à minia

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: bc

langage de calculateur de précision arbitraire bc GNU
dep: libc6 (>= 2.24) [sh4]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, m68k, sh4]

dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2) [amd64]

dynamic library of the Genome Analysis Toolbox

dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg) [non amd64, m68k, sh4]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non hppa, ia64, m68k, sh4]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]

Paquet indisponible
dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

Paquet indisponible
dep: libhdf5-103-1 [hppa]

HDF5 C runtime files - serial version
dep: libhdf5-103-1t64 [non hppa, m68k, sh4]

HDF5 C runtime files - serial version
dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]

bibliothèque standard C++ de GNU v3

dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non hppa, m68k, sh4]

dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sh4]
dep: libunwind8 [ia64]

bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable
dep: zlib1g [non m68k, sh4]

Bibliothèque de compression - binaires

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4) [m68k, sh4]

rec: samtools

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

sug: bandage

application de bio-informatique pour navigation simple dans les graphes d’assemblage De novo

Télécharger minia

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	3.2.6-4+b1	389,1 ko	827,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	3.2.6-4+b1	391,1 ko	745,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	3.2.6-4+b1	384,2 ko	825,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	3.2.6-2	400,6 ko	744,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	3.2.6-4+b1	400,4 ko	941,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.6906-2	173,6 ko	298,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	3.2.6-4+b1	382,4 ko	844,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	3.2.6-4+b1	391,9 ko	889,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	3.2.6-4+b1	392,5 ko	825,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	3.2.6-4+b1	388,9 ko	689,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.6906-2	192,8 ko	291,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	3.2.6-4+b1	379,3 ko	2 431,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	3.2.6-4+b1	391,2 ko	707,0 ko	[liste des fichiers]