パッケージ: minia (3.2.6-4 など)
minia に関するリンク
Debian の資源:
minia ソースパッケージをダウンロード:
メンテナ:
- Debian Med Packaging Team (QA ページ, メールアーカイブ)
- Olivier Sallou (QA ページ)
- Andreas Tille (QA ページ)
- Steffen Moeller (QA ページ)
外部の資源:
- ホームページ [minia.genouest.org]
類似のパッケージ:
short-read biological sequence assembler
What was referred to as "next-generation" DNA sequencing up to the year 2020 delivered only "short" reads up to ~600 base pairs in length that would then have to be puzzled by random overlaps in their sequence towards a complete genome. This is the genome assembly. And there are many biological pitfalls on long stretches of low complexity regions and copy number variations and other sorts of redundancies that render this difficult.
This package provides a short-read DNA sequence assembler based on a de Bruijn graph, capable of assembling a human genome on a desktop computer in a day.
The output of Minia is a set of contigs, i.e. stretches of gap-free linear overlaps of short reads. In the best possible case this is a whole chromosome.
Minia produces results of similar contiguity and accuracy to other de Bruijn assemblers (e.g. Velvet).
その他の minia 関連パッケージ
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- dep: bc
- GNU bc: 任意精度の計算言語
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- dep: libc6 (>= 2.24) [sh4]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64, m68k, sh4 以外]
- dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]
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- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
-
- dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2) [amd64]
- dynamic library of the Genome Analysis Toolbox
- dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg) [amd64, m68k, sh4 以外]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [hppa, ia64, m68k, sh4 以外]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC 共有ライブラリ
-
- dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]
- パッケージは利用できません
-
- dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]
- パッケージは利用できません
-
- dep: libhdf5-103-1 [hppa]
- HDF5 C runtime files - serial version
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- dep: libhdf5-103-1t64 [hppa, m68k, sh4 以外]
- HDF5 C runtime files - serial version
-
- dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, m68k, sh4 以外]
- dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sh4]
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
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- dep: zlib1g [m68k, sh4 以外]
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4) [m68k, sh4]
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- rec: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
-
- sug: bandage
- Bioinformatics Application for Navigating De novo Assembly Graphs Easily
minia のダウンロード
| アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
|---|---|---|---|---|
| alpha (非公式の移植版) | 3.2.6-4+b1 | 389.1 kB | 827.0 kB | [ファイル一覧] |
| amd64 | 3.2.6-4+b1 | 391.1 kB | 745.0 kB | [ファイル一覧] |
| arm64 | 3.2.6-4+b1 | 384.2 kB | 825.0 kB | [ファイル一覧] |
| hppa (非公式の移植版) | 3.2.6-2 | 400.6 kB | 744.0 kB | [ファイル一覧] |
| ia64 (非公式の移植版) | 3.2.6-4+b1 | 400.4 kB | 941.0 kB | [ファイル一覧] |
| m68k (非公式の移植版) | 1.6906-2 | 173.6 kB | 298.0 kB | [ファイル一覧] |
| mips64el | 3.2.6-4+b1 | 382.4 kB | 844.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64 (非公式の移植版) | 3.2.6-4+b1 | 391.9 kB | 889.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64el | 3.2.6-4+b1 | 392.5 kB | 825.0 kB | [ファイル一覧] |
| riscv64 | 3.2.6-4+b1 | 388.9 kB | 689.0 kB | [ファイル一覧] |
| sh4 (非公式の移植版) | 1.6906-2 | 192.8 kB | 291.0 kB | [ファイル一覧] |
| sparc64 (非公式の移植版) | 3.2.6-4+b1 | 379.3 kB | 2,431.0 kB | [ファイル一覧] |
| x32 (非公式の移植版) | 3.2.6-4+b1 | 391.2 kB | 707.0 kB | [ファイル一覧] |