Pakiet: atac (0~20150903+r2013-10 i inne)

Odnośniki dla atac

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego kmer:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [kmer.sourceforge.net]

Podobne pakiety:

genome assembly-to-assembly comparison

atac computes a one-to-one pairwise alignment of large DNA sequences. It first finds the unique k-mers in each sequence, chains them to larger blocks, and fills in spaces between blocks. It was written primarily to transfer annotations between different assemblies of the human genome.

The output is a set of ungapped 'matches', and a set of gapped 'runs' formed from the matches. Each match or run associates one sequence with the other sequence. The association is 'unique', in that there is no other (sizeable) associations for either sequence. Thus, large repeats and duplications are not present in the output - they appear as unmapped regions.

Though the output is always pairwise, atac can cache intermediate results to speed a comparisons of multiple sequences.

This package is part of the Kmer suite.

Inne pakiety związane z atac

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: gnuplot

Interaktywny program do tworzenia wykresów, sterowany z wiersza poleceń
również pakiet wirtualny udostępniany przez gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11
dep: leaff

biological sequence library utilities and applications
dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, ia64, loong64, sh4]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
dep: libfile-which-perl

Perl module for searching paths for executable programs
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: libunwind8 [ia64]

Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe
dep: meryl

in- and out-of-core kmer counting and utilities
dep: perl

praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla
dep: python3

Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

dep: python3 (<< 3.12) [ia64]

dep: python3 (<< 3.14) [nie ia64]

dep: python3 (>= 3.11~) [ia64]

dep: python3 (>= 3.13~) [nie ia64]
dep: python3.11 [ia64]

Interactive high-level object-oriented language (version 3.11)
dep: python3.13 [nie ia64]

Interaktywny język obiektowy wysokiego poziomu (wersja 3.13)

rec: kmer-examples

sample data for kmer suite of tools for DNA sequence analysis

Pobieranie atac

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	0~20150903+r2013-10	396,9 KiB	3 506,0 KiB	[lista plików]
amd64	0~20150903+r2013-10	380,0 KiB	2 795,0 KiB	[lista plików]
arm64	0~20150903+r2013-10	357,2 KiB	3 363,0 KiB	[lista plików]
armel	0~20150903+r2013-10	346,7 KiB	3 277,0 KiB	[lista plików]
armhf	0~20150903+r2013-10	346,1 KiB	2 893,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	0~20150903+r2013-10	462,3 KiB	3 014,0 KiB	[lista plików]
i386	0~20150903+r2013-10	400,1 KiB	2 997,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	0~20150903+r2013-8+b3	511,8 KiB	4 444,0 KiB	[lista plików]
loong64 (port nieoficjalny)	0~20150903+r2013-10	366,0 KiB	3 360,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	0~20150903+r2013-10	405,5 KiB	2 909,0 KiB	[lista plików]
mips64el	0~20150903+r2013-10	396,2 KiB	3 730,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	0~20150903+r2013-10	396,0 KiB	3 811,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	0~20150903+r2013-10	406,8 KiB	3 811,0 KiB	[lista plików]
riscv64	0~20150903+r2013-10	407,4 KiB	2 467,0 KiB	[lista plików]
s390x	0~20150903+r2013-10	342,4 KiB	2 742,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	0~20150903+r2013-10	456,5 KiB	3 405,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	0~20150903+r2013-10	357,5 KiB	23 364,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	0~20150903+r2013-10	385,3 KiB	2 737,0 KiB	[lista plików]