Package: atac (0~20150903+r2013-10 and others)

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Homepage [kmer.sourceforge.net]

Similar packages:

confronto di genomi assemblaggio-verso-assemblaggio

atac calcola un allineamento uno-a-uno per coppie di grandi sequenze di DNA. Prima trova i k-meri unici in ciascuna sequenza, li concatena in blocchi più grandi e riempie gli spazi tra i blocchi. È stato scritto principalmente per trasferire annotazioni tra diversi assemblaggi del genoma umano.

L'output è un insieme di "corrispondenze" senza interruzioni e un insieme di "successioni" con interruzioni formate dalle corrispondenze. Ciascuna corrispondenza o successione associa una sequenza con l'altra sequenza. L'associazione è "unica" nel senso che non ci sono altre associazioni (di dimensioni considerevoli) per l'una o l'altra sequenza. Perciò, grandi ripetizioni e duplicazioni non sono presenti nell'output, appaiono come regioni non mappate.

Sebbene l'output sia sempre a coppie, atac può tenere in cache i risultati intermedi per velocizzare il confronto di sequenze multiple.

Questo pacchetto fa parte della suite Kmer.

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Libreria C GNU: librerie condivise
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dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
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libreria di supporto a GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

libreria di supporto a GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

libreria di supporto a GCC
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

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dep: python3 (<< 3.12) [ia64]

dep: python3 (<< 3.14) [not ia64]

dep: python3 (>= 3.11~) [ia64]

dep: python3 (>= 3.13~) [not ia64]
dep: python3.11 [ia64]

linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione 3.11)
dep: python3.13 [not ia64]

linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione 3.13)

rec: kmer-examples

dati d'esempio per l'insieme kmer di strumenti per l'analisi di sequenze di DNA

Download atac

Download for all available architectures
Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	0~20150903+r2013-10	396.9 kB	3,506.0 kB	[list of files]
amd64	0~20150903+r2013-10	380.0 kB	2,795.0 kB	[list of files]
arm64	0~20150903+r2013-10	357.2 kB	3,363.0 kB	[list of files]
armel	0~20150903+r2013-10	346.7 kB	3,277.0 kB	[list of files]
armhf	0~20150903+r2013-10	346.1 kB	2,893.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	0~20150903+r2013-10	462.3 kB	3,014.0 kB	[list of files]
i386	0~20150903+r2013-10	400.1 kB	2,997.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	0~20150903+r2013-8+b3	511.8 kB	4,444.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	0~20150903+r2013-10	366.0 kB	3,360.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	0~20150903+r2013-10	405.5 kB	2,909.0 kB	[list of files]
mips64el	0~20150903+r2013-10	396.2 kB	3,730.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	0~20150903+r2013-10	396.0 kB	3,811.0 kB	[list of files]
ppc64el	0~20150903+r2013-10	406.8 kB	3,811.0 kB	[list of files]
riscv64	0~20150903+r2013-10	407.4 kB	2,467.0 kB	[list of files]
s390x	0~20150903+r2013-10	342.4 kB	2,742.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	0~20150903+r2013-10	456.5 kB	3,405.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	0~20150903+r2013-10	357.5 kB	23,364.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	0~20150903+r2013-10	385.3 kB	2,737.0 kB	[list of files]