Paket: atac (0~20150903+r2013-10 und andere)

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Externe Ressourcen:

Homepage [kmer.sourceforge.net]

genome assembly-to-assembly comparison

atac computes a one-to-one pairwise alignment of large DNA sequences. It first finds the unique k-mers in each sequence, chains them to larger blocks, and fills in spaces between blocks. It was written primarily to transfer annotations between different assemblies of the human genome.

The output is a set of ungapped 'matches', and a set of gapped 'runs' formed from the matches. Each match or run associates one sequence with the other sequence. The association is 'unique', in that there is no other (sizeable) associations for either sequence. Thus, large repeats and duplications are not present in the output - they appear as unmapped regions.

Though the output is always pairwise, atac can cache intermediate results to speed a comparisons of multiple sequences.

This package is part of the Kmer suite.

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dep: libc6 (>= 2.38) [nicht alpha, ia64, loong64, sh4]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
dep: libfile-which-perl

Perl-Modul zum Durchsuchen des Pfads nach ausführbaren Programmen
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC Support-Bibliothek
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

GCC Support-Bibliothek
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

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dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction und Report Language
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

dep: python3 (<< 3.12) [ia64]

dep: python3 (<< 3.14) [nicht ia64]

dep: python3 (>= 3.11~) [ia64]

dep: python3 (>= 3.13~) [nicht ia64]
dep: python3.11 [ia64]

Interactive high-level object-oriented language (version 3.11)
dep: python3.13 [nicht ia64]

Interactive high-level object-oriented language (version 3.13)

rec: kmer-examples

sample data for kmer suite of tools for DNA sequence analysis

atac herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	0~20150903+r2013-10	396,9 kB	3.506,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	0~20150903+r2013-10	380,0 kB	2.795,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	0~20150903+r2013-10	357,2 kB	3.363,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	0~20150903+r2013-10	346,7 kB	3.277,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	0~20150903+r2013-10	346,1 kB	2.893,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	0~20150903+r2013-10	462,3 kB	3.014,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	0~20150903+r2013-10	400,1 kB	2.997,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	0~20150903+r2013-8+b3	511,8 kB	4.444,0 kB	[Liste der Dateien]
loong64 (inoffizielle Portierung)	0~20150903+r2013-10	366,0 kB	3.360,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	0~20150903+r2013-10	405,5 kB	2.909,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	0~20150903+r2013-10	396,2 kB	3.730,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	0~20150903+r2013-10	396,0 kB	3.811,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	0~20150903+r2013-10	406,8 kB	3.811,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	0~20150903+r2013-10	407,4 kB	2.467,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	0~20150903+r2013-10	342,4 kB	2.742,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	0~20150903+r2013-10	456,5 kB	3.405,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	0~20150903+r2013-10	357,5 kB	23.364,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	0~20150903+r2013-10	385,3 kB	2.737,0 kB	[Liste der Dateien]