Pakiet: atac (0~20150903+r2013-10)

Odnośniki dla atac

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego kmer:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [kmer.sourceforge.net]

Podobne pakiety:

genome assembly-to-assembly comparison

atac computes a one-to-one pairwise alignment of large DNA sequences. It first finds the unique k-mers in each sequence, chains them to larger blocks, and fills in spaces between blocks. It was written primarily to transfer annotations between different assemblies of the human genome.

The output is a set of ungapped 'matches', and a set of gapped 'runs' formed from the matches. Each match or run associates one sequence with the other sequence. The association is 'unique', in that there is no other (sizeable) associations for either sequence. Thus, large repeats and duplications are not present in the output - they appear as unmapped regions.

Though the output is always pairwise, atac can cache intermediate results to speed a comparisons of multiple sequences.

This package is part of the Kmer suite.

Inne pakiety związane z atac

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: gnuplot

Interaktywny program do tworzenia wykresów, sterowany z wiersza poleceń
również pakiet wirtualny udostępniany przez gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11
dep: leaff

biological sequence library utilities and applications
dep: libc6 (>= 2.38)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libfile-which-perl

Perl module for searching paths for executable programs
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armhf, i386, riscv64]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: meryl

in- and out-of-core kmer counting and utilities
dep: perl

praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla
dep: python3

Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

dep: python3 (<< 3.14)

dep: python3 (>= 3.13~)
dep: python3.13

Interaktywny język obiektowy wysokiego poziomu (wersja 3.13)

rec: kmer-examples

sample data for kmer suite of tools for DNA sequence analysis

Pobieranie atac

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	380,0 KiB	2 795,0 KiB	[lista plików]
arm64	357,2 KiB	3 363,0 KiB	[lista plików]
armhf	346,1 KiB	2 893,0 KiB	[lista plików]
i386	400,1 KiB	2 997,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	406,8 KiB	3 811,0 KiB	[lista plików]
riscv64	407,4 KiB	2 467,0 KiB	[lista plików]
s390x	342,4 KiB	2 742,0 KiB	[lista plików]