Package: atac (0~20150903+r2013-10)
Links for atac
Debian Resources:
Download Source Package kmer:
- [kmer_0~20150903+r2013-10.dsc]
- [kmer_0~20150903+r2013.orig.tar.gz]
- [kmer_0~20150903+r2013-10.debian.tar.xz]
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [kmer.sourceforge.net]
Similar packages:
Samling til samling-sammenligning for genomer
Atac beregner en en til en-parvis sammenligning af store DNA-sekvenser. Den første finder de unikke k-mers i hver sekvens, kæder dem til større blokke og udfylder rummet mellem blokkene. Programmet blev skrevet primært til at overføre annotationer mellem forskellige samlinger af det menneskelige genom.
Uddata er et sæt af ikke sammenlignelige »match«, og et sæt af sammenlignelige »kørsler« formet fra matchene. Hver match eller kørsel associerer en sekvens med den anden sekvens. Associationen er »unik« på den måde, at der er ingen andre (af samme størrelse) associationer for nogen af sekvenserne. Store gentagelser og dubletter er derfor ikke til stede i resultatet - de fremstår som regioner uden oversættelse.
Selvom uddata altid er parvis, så kan atac mellemlagre mellemliggende resultater til at øge hastigheden for en sammenligning af flere sekvenser.
Denne pakke er en del af Kmer-programpakken.
Other Packages Related to atac
|
|
|
|
-
- dep: gnuplot
- Kommandolinjedrevet interaktivt grafprogram
also a virtual package provided by gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11
-
- dep: leaff
- Redskaber og programmer for biologisk sekvensbibliotek
-
- dep: libc6 (>= 2.38)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libfile-which-perl
- Perlmodul for søgning i stier efter kørbare programmer
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armhf, i386, riscv64]
- GCC støttebibliotek
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- GNU Standard C++ bibliotek v3
-
- dep: meryl
- Tælning og redskaber til ind og ud af kerne i kmer
-
- dep: perl
- Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)
-
- dep: python3
- Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3
- dep: python3 (<< 3.14)
- dep: python3 (>= 3.13~)
-
- dep: python3.13
- Interaktivt objektorienteret sprog på højt niveau - version 3.13
-
- rec: kmer-examples
- Prøvedata for kmer-værktøjspakken for DNA-sekvensanalyse
Download atac
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| amd64 | 380.0 kB | 2,795.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 357.2 kB | 3,363.0 kB | [list of files] |
| armhf | 346.1 kB | 2,893.0 kB | [list of files] |
| i386 | 400.1 kB | 2,997.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 406.8 kB | 3,811.0 kB | [list of files] |
| riscv64 | 407.4 kB | 2,467.0 kB | [list of files] |
| s390x | 342.4 kB | 2,742.0 kB | [list of files] |