[ ソース: parsnp ]
パッケージ: parsnp (2.1.3+dfsg-1 など)
parsnp に関するリンク
Debian の資源:
parsnp ソースパッケージをダウンロード:
メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [harvest.readthedocs.org]
類似のパッケージ:
rapid core genome multi-alignment
Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.
その他の parsnp 関連パッケージ
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- dep: fasttree
- phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
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- dep: harvest-tools
- archiving and postprocessing for reference-compressed genomic multi-alignments
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- dep: libc6 (>= 2.38) [alpha, ia64, loong64, sh4 以外]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]
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- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
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- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- GCC 共有ライブラリ
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC 共有ライブラリ
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ
-
- dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)
- multiple alignment library for protein sequences
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
- dep: libstdc++6 (>= 14) [ia64, m68k 以外]
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
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- dep: mummer
- 遺伝子全体の効率的な配列アライメント
-
- dep: phipack
- PHI test and other tests of recombination
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- dep: python3
- 対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)
-
- dep: python3-biopython
- Python3 library for bioinformatics
-
- dep: python3-numpy
- Python library for numerical computations (Python 3)
-
- dep: python3-pyspoa
- Python bindings to spoa
-
- dep: python3-tqdm
- fast, extensible progress bar for Python 3 and CLI tool
-
- dep: raxml
- Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees
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- dep: time
- GNU time - CPU リソース使用率計測プログラム
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- rec: python3-dendropy
- DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)
parsnp のダウンロード
| アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
|---|---|---|---|---|
| alpha (非公式の移植版) | 2.1.3+dfsg-1 | 210.7 kB | 2,012.0 kB | [ファイル一覧] |
| amd64 | 2.1.3+dfsg-1 | 209.3 kB | 1,959.0 kB | [ファイル一覧] |
| arm64 | 2.1.3+dfsg-1 | 196.0 kB | 1,947.0 kB | [ファイル一覧] |
| armel | 2.1.3+dfsg-1 | 190.5 kB | 1,946.0 kB | [ファイル一覧] |
| armhf | 2.1.3+dfsg-1 | 187.1 kB | 1,882.0 kB | [ファイル一覧] |
| hppa (非公式の移植版) | 2.1.3+dfsg-1 | 203.5 kB | 1,916.0 kB | [ファイル一覧] |
| i386 | 2.1.3+dfsg-1 | 205.7 kB | 1,950.0 kB | [ファイル一覧] |
| ia64 (非公式の移植版) | 2.0.5+dfsg-1 | 256.9 kB | 2,246.0 kB | [ファイル一覧] |
| loong64 (非公式の移植版) | 2.1.3+dfsg-1 | 203.3 kB | 1,947.0 kB | [ファイル一覧] |
| m68k (非公式の移植版) | 2.1.3+dfsg-1 | 191.4 kB | 1,930.0 kB | [ファイル一覧] |
| mips64el | 2.1.3+dfsg-1 | 205.3 kB | 2,020.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64 (非公式の移植版) | 2.1.3+dfsg-1 | 212.8 kB | 2,011.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64el | 2.1.3+dfsg-1 | 216.2 kB | 2,011.0 kB | [ファイル一覧] |
| riscv64 | 2.1.3+dfsg-1 | 214.3 kB | 1,871.0 kB | [ファイル一覧] |
| s390x | 2.1.3+dfsg-1 | 188.2 kB | 1,951.0 kB | [ファイル一覧] |
| sh4 (非公式の移植版) | 2.1.3+dfsg-1 | 236.4 kB | 1,947.0 kB | [ファイル一覧] |
| sparc64 (非公式の移植版) | 2.1.3+dfsg-1 | 186.5 kB | 2,655.0 kB | [ファイル一覧] |
| x32 (非公式の移植版) | 2.1.3+dfsg-1 | 210.0 kB | 1,942.0 kB | [ファイル一覧] |