Paketti: parsnp (2.1.3+dfsg-1 ja muut)

Links for parsnp

Debian-palvelut:

Imuroi lähdekoodipaketti parsnp:

Ylläpitäjät:

External Resources:

Kotisivu [harvest.readthedocs.org]

Samankaltaisia paketteja:

rapid core genome multi-alignment

Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.

Muut pakettiin parsnp liittyvät paketit

depends

recommends

suggests

enhances

dep: fasttree

phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
dep: harvest-tools

archiving and postprocessing for reference-compressed genomic multi-alignments
dep: libc6 (>= 2.38) [ei alpha, ia64, loong64, sh4]

GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

GCC:n apukirjasto

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC:n apukirjasto
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

GCC:n apukirjasto
dep: libgomp1 (>= 6)

GCC OpenMP (GOMP) support library
dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)

multiple alignment library for protein sequences
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

dep: libstdc++6 (>= 14) [ei ia64, m68k]
dep: libunwind8 [ia64]

library to determine the call-chain of a program - runtime
dep: mummer

Efficient sequence alignment of full genomes
dep: phipack

PHI test and other tests of recombination
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: python3-biopython

Python3 library for bioinformatics
dep: python3-numpy

Python library for numerical computations (Python 3)
dep: python3-pyspoa

Python bindings to spoa
dep: python3-tqdm

fast, extensible progress bar for Python 3 and CLI tool
dep: raxml

Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees
dep: time

GNU time ohjelma suorittimen resurssien käytön seurantaan

rec: python3-dendropy

DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

Imuroi parsnp

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	2.1.3+dfsg-1	210.7 kt	2,012.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	2.1.3+dfsg-1	209.3 kt	1,959.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	2.1.3+dfsg-1	196.0 kt	1,947.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	2.1.3+dfsg-1	190.5 kt	1,946.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	2.1.3+dfsg-1	187.1 kt	1,882.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	2.1.3+dfsg-1	203.5 kt	1,916.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	2.1.3+dfsg-1	205.7 kt	1,950.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	2.0.5+dfsg-1	256.9 kt	2,246.0 kt	[tiedostoluettelo]
loong64 (epävirallinen siirros)	2.1.3+dfsg-1	203.3 kt	1,947.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	2.1.3+dfsg-1	191.4 kt	1,930.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	2.1.3+dfsg-1	205.3 kt	2,020.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	2.1.3+dfsg-1	212.8 kt	2,011.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	2.1.3+dfsg-1	216.2 kt	2,011.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	2.1.3+dfsg-1	214.3 kt	1,871.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	2.1.3+dfsg-1	188.2 kt	1,951.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	2.1.3+dfsg-1	236.4 kt	1,947.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	2.1.3+dfsg-1	186.5 kt	2,655.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	2.1.3+dfsg-1	210.0 kt	1,942.0 kt	[tiedostoluettelo]