Пакет: parsnp (2.1.3+dfsg-1 и други)

Връзки за parsnp

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник parsnp.

Отговорници:

Външни препратки:

Начална страница [harvest.readthedocs.org]

Подобни пакети:

rapid core genome multi-alignment

Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.

Други пакети, свързани с parsnp

зависимости

препоръчани

предложени

enhances

dep: fasttree

phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
dep: harvest-tools

archiving and postprocessing for reference-compressed genomic multi-alignments
dep: libc6 (>= 2.38) [не alpha, ia64, loong64, sh4]

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

GCC support library

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC support library
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

GCC support library
dep: libgomp1 (>= 6)

GCC OpenMP (GOMP) support library
dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)

multiple alignment library for protein sequences
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

GNU Standard C++ Library v3

dep: libstdc++6 (>= 14) [не ia64, m68k]
dep: libunwind8 [ia64]

library to determine the call-chain of a program - runtime
dep: mummer

Efficient sequence alignment of full genomes
dep: phipack

PHI test and other tests of recombination
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: python3-biopython

Python3 library for bioinformatics
dep: python3-numpy

Python library for numerical computations (Python 3)
dep: python3-pyspoa

Python bindings to spoa
dep: python3-tqdm

fast, extensible progress bar for Python 3 and CLI tool
dep: raxml

Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees
dep: time

GNU time program for measuring CPU resource usage

rec: python3-dendropy

DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

Изтегляне на parsnp

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	2.1.3+dfsg-1	210,7 кБ	2 012,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	2.1.3+dfsg-1	209,3 кБ	1 959,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	2.1.3+dfsg-1	196,0 кБ	1 947,0 кБ	[списък на файловете]
armel	2.1.3+dfsg-1	190,5 кБ	1 946,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	2.1.3+dfsg-1	187,1 кБ	1 882,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	2.1.3+dfsg-1	203,5 кБ	1 916,0 кБ	[списък на файловете]
i386	2.1.3+dfsg-1	205,7 кБ	1 950,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	2.0.5+dfsg-1	256,9 кБ	2 246,0 кБ	[списък на файловете]
loong64 (неофициална архитектура)	2.1.3+dfsg-1	203,3 кБ	1 947,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	2.1.3+dfsg-1	191,4 кБ	1 930,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	2.1.3+dfsg-1	205,3 кБ	2 020,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	2.1.3+dfsg-1	212,8 кБ	2 011,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	2.1.3+dfsg-1	216,2 кБ	2 011,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	2.1.3+dfsg-1	214,3 кБ	1 871,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	2.1.3+dfsg-1	188,2 кБ	1 951,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	2.1.3+dfsg-1	236,4 кБ	1 947,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	2.1.3+dfsg-1	186,5 кБ	2 655,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	2.1.3+dfsg-1	210,0 кБ	1 942,0 кБ	[списък на файловете]