[ ソース: parsnp ]
パッケージ: parsnp (2.1.3+dfsg-1)
parsnp に関するリンク
Debian の資源:
parsnp ソースパッケージをダウンロード:
メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [harvest.readthedocs.org]
類似のパッケージ:
rapid core genome multi-alignment
Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.
その他の parsnp 関連パッケージ
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- dep: fasttree
- phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
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- dep: harvest-tools
- archiving and postprocessing for reference-compressed genomic multi-alignments
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- dep: libc6 (>= 2.38)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armhf, riscv64 以外]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armhf]
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- dep: libgomp1 (>= 6)
- GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ
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- dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)
- multiple alignment library for protein sequences
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- dep: libstdc++6 (>= 14)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- dep: mummer
- 遺伝子全体の効率的な配列アライメント
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- dep: phipack
- PHI test and other tests of recombination
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- dep: python3
- 対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)
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- dep: python3-biopython
- Python3 library for bioinformatics
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- dep: python3-numpy
- Python library for numerical computations (Python 3)
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- dep: python3-pyspoa
- Python bindings to spoa
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- dep: python3-tqdm
- fast, extensible progress bar for Python 3 and CLI tool
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- dep: raxml
- Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees
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- dep: time
- GNU time - CPU リソース使用率計測プログラム
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- rec: python3-dendropy
- DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)
parsnp のダウンロード
| アーキテクチャ | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
|---|---|---|---|
| amd64 | 209.3 kB | 1,959.0 kB | [ファイル一覧] |
| arm64 | 196.0 kB | 1,947.0 kB | [ファイル一覧] |
| armhf | 187.1 kB | 1,882.0 kB | [ファイル一覧] |
| i386 | 205.7 kB | 1,950.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64el | 216.2 kB | 2,011.0 kB | [ファイル一覧] |
| riscv64 | 214.3 kB | 1,871.0 kB | [ファイル一覧] |
| s390x | 188.2 kB | 1,951.0 kB | [ファイル一覧] |