[ Source: discosnp ]
Package: discosnp (1:2.6.2-4 and others)
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- Homepage [colibread.inria.fr]
Similar packages:
scopre Single Nucleotide Polymorphism da uno o più insiemi di letture grezze
Il software discoSnp è progettato per scoprire SNP (Single Nucleotide Polymorphism - polimorfismo di nucleotide singolo) da uno o più insiemi di letture grezze ottenute tramite NGS (Next Generation Sequencers - sequenziatori di prossima generazione).
Notare che il numero di insiemi di letture in input non è vincolato, può essere uno, due o più. Notare anche che non sono necessari ulteriori dati come annotazioni o genoma di riferimento.
Il software è composto da due moduli. Il primo modulo, kissnp2, rileva gli SNP dagli insiemi di letture. Un secondo modulo, kissreads, potenzia i risultati di kissnp2 calcolando, per ogni insieme di letture e per ogni SNP trovato:
1) la sua copertura di letture media, 2) la qualità (phred) di letture che generano il polimorfismo.
Questo pacchetto è stato sorpassato da DiscoSnp++.
Other Packages Related to discosnp
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- dep: bc [m68k, sh4]
- linguaggio di calcolo a precisione arbitraria GNU bc
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- dep: gatb-core [not m68k, sh4]
- toolbox di analisi genomica con grafi di de Bruijn
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- dep: libc6 (>= 2.24) [sh4]
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.29) [hppa]
- dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, hppa, ia64, loong64, m68k, sh4]
- dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]
- dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
-
- dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2) [amd64]
- libreria dinamica del toolbox di analisi genomica
- dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg) [not amd64, m68k, sh4]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not hppa, ia64, m68k, sh4]
- libreria di supporto a GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- libreria di supporto a GCC
-
- dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]
- Package not available
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- dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]
- Package not available
-
- dep: libhdf5-103-1 [hppa]
- file runtime C di HDF5 - versione seriale
-
- dep: libhdf5-103-1t64 [ia64]
- file runtime C di HDF5 - versione seriale
-
- dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [not hppa, ia64, m68k, sh4]
- file runtime C di HDF5 - versione seriale
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- dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]
- libreria GNU Standard C++, versione 3
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64]
- dep: libstdc++6 (>= 14) [not hppa, ia64, m68k, sh4]
- dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sh4]
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime
-
- dep: python [m68k, sh4]
- Package not available
-
- dep: python3 [not m68k, sh4]
- linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4) [m68k, sh4]
- libreria di compressione - runtime
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.6) [not m68k, sh4]
Download discosnp
| Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|---|
| alpha (unofficial port) | 1:2.6.2-4+b1 | 1,408.4 kB | 3,063.0 kB | [list of files] |
| amd64 | 1:2.6.2-4+b2 | 1,423.5 kB | 2,900.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 1:2.6.2-4+b2 | 1,408.8 kB | 3,060.0 kB | [list of files] |
| hppa (unofficial port) | 1:2.6.2-1 | 1,416.6 kB | 2,789.0 kB | [list of files] |
| ia64 (unofficial port) | 1:2.6.2-3+b1 | 1,435.4 kB | 3,315.0 kB | [list of files] |
| loong64 (unofficial port) | 1:2.6.2-4+b1 | 1,411.6 kB | 3,060.0 kB | [list of files] |
| m68k (unofficial port) | 1.2.6-2 | 121.2 kB | 299.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 1:2.6.2-4+b1 | 1,408.7 kB | 3,120.0 kB | [list of files] |
| ppc64 (unofficial port) | 1:2.6.2-4+b1 | 1,424.5 kB | 3,263.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 1:2.6.2-4+b2 | 1,424.3 kB | 3,124.0 kB | [list of files] |
| riscv64 | 1:2.6.2-4+b2 | 1,414.0 kB | 2,760.0 kB | [list of files] |
| sh4 (unofficial port) | 1.2.6-2 | 148.7 kB | 299.0 kB | [list of files] |
| sparc64 (unofficial port) | 1:2.6.2-4+b1 | 1,388.4 kB | 7,047.0 kB | [list of files] |
| x32 (unofficial port) | 1:2.6.2-4+b1 | 1,407.2 kB | 2,678.0 kB | [list of files] |