Пакет: discosnp (1:2.6.2-3 и другие)

Ссылки для discosnp

Ресурсы Debian:

Исходный код discosnp:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [colibread.inria.fr]

Подобные пакеты:

discovering Single Nucleotide Polymorphism from raw set(s) of reads

Software discoSnp is designed for discovering Single Nucleotide Polymorphism (SNP) from raw set(s) of reads obtained with Next Generation Sequencers (NGS).

Note that number of input read sets is not constrained, it can be one, two, or more. Note also that no other data as reference genome or annotations are needed.

The software is composed by two modules. First module, kissnp2, detects SNPs from read sets. A second module, kissreads, enhance the kissnp2 results by computing per read set and for each found SNP:

 1) its mean read coverage
 2) the (phred) quality of reads generating the polymorphism.

This program is superseded by DiscoSnp++.

Другие пакеты, относящиеся к discosnp

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: bc [m68k, sh4]

калькулятор GNU bc произвольной точности
dep: gatb-core [не m68k, sh4]

Genome Analysis Toolbox with de-Bruijn graph
dep: libc6 (>= 2.24) [sh4]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.29) [hppa]

dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, hppa, ia64, m68k, sh4]

dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2) [amd64]

dynamic library of the Genome Analysis Toolbox

dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg) [не amd64, m68k, sh4]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не hppa, ia64, m68k, sh4]

вспомогательная библиотека GCC

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

вспомогательная библиотека GCC
dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]

Пакет недоступен
dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

Пакет недоступен
dep: libhdf5-103-1 [hppa]

HDF5 C runtime files - serial version
dep: libhdf5-103-1t64 [не hppa, m68k, sh4]

HDF5 C runtime files - serial version
dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]

стандартная библиотека GNU C++ версии 3

dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не hppa, m68k, sh4]

dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sh4]
dep: libunwind8 [ia64]

library to determine the call-chain of a program - runtime
dep: python [m68k, sh4]

Пакет недоступен
dep: python3 [не m68k, sh4]

интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4) [m68k, sh4]

библиотека сжатия

dep: zlib1g (>= 1:1.2.6) [не m68k, sh4]

Загрузка discosnp

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	1:2.6.2-3+b1	1 407,7 Кб	3 063,0 Кб	[список файлов]
amd64	1:2.6.2-3+b1	1 421,7 Кб	2 904,0 Кб	[список файлов]
arm64	1:2.6.2-3+b1	1 407,9 Кб	3 060,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	1:2.6.2-1	1 416,6 Кб	2 789,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	1:2.6.2-3+b1	1 435,4 Кб	3 315,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	1.2.6-2	121,2 Кб	299,0 Кб	[список файлов]
mips64el	1:2.6.2-3+b1	1 401,1 Кб	3 121,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	1:2.6.2-3+b1	1 425,6 Кб	3 263,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	1:2.6.2-3+b1	1 426,6 Кб	3 124,0 Кб	[список файлов]
riscv64	1:2.6.2-3+b1	1 414,9 Кб	2 772,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	1.2.6-2	148,7 Кб	299,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	1:2.6.2-3+b1	1 394,9 Кб	7 048,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	1:2.6.2-3+b1	1 405,4 Кб	2 686,0 Кб	[список файлов]