Package: discosnp (1:2.6.2-2)

Links for discosnp

Debian Resources:

Download Source Package discosnp:

Maintainers:

Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
Olivier Sallou (QA Page)
Andreas Tille (QA Page)

External Resources:

Homepage [colibread.inria.fr]

Similar packages:

scopre Single Nucleotide Polymorphism da uno o più insiemi di letture grezze

Il software discoSnp è progettato per scoprire SNP (Single Nucleotide Polymorphism - polimorfismo di nucleotide singolo) da uno o più insiemi di letture grezze ottenute tramite NGS (Next Generation Sequencers - sequenziatori di prossima generazione).

Notare che il numero di insiemi di letture in input non è vincolato, può essere uno, due o più. Notare anche che non sono necessari ulteriori dati come annotazioni o genoma di riferimento.

Il software è composto da due moduli. Il primo modulo, kissnp2, rileva gli SNP dagli insiemi di letture. Un secondo modulo, kissreads, potenzia i risultati di kissnp2 calcolando, per ogni insieme di letture e per ogni SNP trovato:

 1) la sua copertura di letture media,
 2) la qualità (phred) di letture che generano il polimorfismo.

Questo pacchetto è stato sorpassato da DiscoSnp++.

Other Packages Related to discosnp

depends

recommends

suggests

enhances

dep: gatb-core

toolbox di analisi genomica con grafi di de Bruijn
dep: libc6 (>= 2.34)

Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2) [amd64]

libreria dinamica del toolbox di analisi genomica

dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg) [not amd64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

libreria di supporto a GCC
dep: libhdf5-103-1

file runtime C di HDF5 - versione seriale
dep: libstdc++6 (>= 11)

libreria GNU Standard C++, versione 3
dep: python3

linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

libreria di compressione - runtime

Download discosnp

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1,418.3 kB	2,882.0 kB	[list of files]
arm64	1,403.8 kB	3,058.0 kB	[list of files]
mips64el	1,400.2 kB	3,120.0 kB	[list of files]
ppc64el	1,424.3 kB	3,122.0 kB	[list of files]