Paquet : srst2 (0.2.0-13 et autres)

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Page d'accueil [katholt.github.io]

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Short Read Sequence Typing for Bacterial Pathogens

This program is designed to take Illumina sequence data, a MLST database and/or a database of gene sequences (e.g. resistance genes, virulence genes, etc) and report the presence of STs and/or reference genes.

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dep: python-scipy [hppa, x32]

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dep: python3 [non hppa, x32]

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
dep: python3-biopython [non hppa, x32]

bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique
dep: python3-scipy [non hppa, x32]

outils scientifiques pour Python 3
dep: samtools

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

rec: python3-rpy2

Python3 interface to the GNU R language and environment (version 2)

Télécharger srst2

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	0.2.0-13	59,8 ko	265,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	0.2.0-13	59,9 ko	265,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	0.2.0-13	59,9 ko	265,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	0.1.8-1	58,6 ko	258,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	0.2.0-11	59,6 ko	254,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	0.2.0-13	59,9 ko	265,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	0.2.0-13	59,9 ko	265,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	0.2.0-13	59,9 ko	265,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	0.2.0-13	59,8 ko	265,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	0.2.0-13	59,9 ko	265,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	0.2.0-13	59,9 ko	265,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	0.2.0-13	59,8 ko	265,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	0.2.0-13	59,9 ko	265,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	0.1.8-1	58,6 ko	258,0 ko	[liste des fichiers]