Paquet : bitseq (0.7.5+dfsg-7)

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Paquets similaires :

inférence bayésienne de transcripts à partir de données de séquençage

BitSeq est une application pour inférer des niveaux d’expression de transcripts individuels depuis des données de séquençage (RNA-Seq) et pour estimer l’expression différentielle (DE) entre des « conditions ». Un avantage de cette approche est la capacité d’expliquer l’incertitude technique et la variance biologique pour éviter de faux appels DE. La contribution technique à l’incertitude vient depuis la profondeur de lecture finie et la correspondance potentiellement ambiguë de lectures depuis plusieurs transcripts.

Autres paquets associés à bitseq

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, loong64, sh4]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, i386, s390x, x32]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, loong64, mips64el, riscv64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgomp1 (>= 6)

bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 11) [non alpha]

bibliothèque standard C++ de GNU v3

dep: libstdc++6 (>= 14.2.0-19) [alpha]
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
dep: python3-numpy

bibliothèque de Python pour des calculs numériques – Python 3
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

Bibliothèque de compression - binaires

sug: samtools

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

Télécharger bitseq

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	350,2 ko	2 416,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	351,4 ko	2 047,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	304,6 ko	2 215,0 ko	[liste des fichiers]
armel	289,1 ko	2 074,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	291,9 ko	1 498,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	307,8 ko	1 669,0 ko	[liste des fichiers]
i386	371,7 ko	2 066,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	314,3 ko	2 215,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	314,9 ko	1 730,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	337,1 ko	2 491,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	349,8 ko	2 919,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	350,3 ko	2 599,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	336,4 ko	1 451,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	332,3 ko	2 039,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	367,8 ko	2 075,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	299,5 ko	13 449,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	354,7 ko	1 894,0 ko	[liste des fichiers]