Paquet : augustus (3.5.0+dfsg-4 et autres)

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prédiction de gènes dans les génomes eucaryotes

AUGUSTUS est un logiciel de prédiction de gènes dans les séquences génomiques eucaryotes basé sur un modèle de Markov caché généralisé (HMM), un modèle probabiliste de séquence et sa structure de gène. Après l'apprentissage de structures de gènes à partir d'une annotation de référence, AUGUSTUS utilise le HMM pour reconnaître les gènes dans une nouvelle séquence et l'annote avec les régions des gènes identifiés. Des indices externes, par exemple depuis des séquences d'ARN, des EST ou des alignements de protéines, etc., peuvent être utilisés pour guider et améliorer le processus de découverte de gène. Le résultat est l'ensemble des structures de gènes les plus probables qui respectent toutes les contraintes utilisateurs, si de telles structures de gènes existent. AUGUSTUS comprend déjà des HMM préconstruits pour de nombreuses espèces, ainsi que des scripts d'entraînement de modèles personnalisés grâce à des génomes annotés.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c++, interface::commandline, Rôle: Programme, Sciences: science::calculation, scope::utility, Boîte à outils d'interface utilisateur: Interface utilisateur texte ncurses, But: use::analysing, works-with::biological-sequence

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fichiers de données pour AUGUSTUS
dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [ia64]

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dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [non ia64]

bibliothèque dynamique de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)
dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

bibliothèque Boost.Iostreams
dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0) [non ia64]

bibliothèque Boost.Iostreams
dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, ia64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
dep: libcolamd2 (>= 1:4.5.2) [ia64]

Paquet indisponible
dep: libcolamd3 (>= 1:7.0.1) [non ia64]

column approximate minimum degree ordering library for sparse matrices
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, ppc64, ppc64el, sh4]

dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgsl25 (>= 2.6) [ia64]

Paquet indisponible
dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [non ia64]

GNU Scientific Library (GSL) -- library package
dep: libgslcblas0 (>= 2.8) [sparc64]

GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package
dep: libhts3 (>= 1.10) [ia64]

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libhts3t64 (>= 1.17) [non ia64]

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libmariadb3 (>= 3.0.0)

bibliothèque du client de base de données MariaDB
dep: libmysql++3t64 [non ia64]

MySQL C++ library bindings (runtime)
dep: libmysql++3v5 (>= 3.2.5-1~) [ia64]

MySQL C++ library bindings (runtime)
dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

Bibliothèque partagée SQLite 3
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bibliothèque standard C++ de GNU v3

dep: libstdc++6 (>= 14) [non ia64, m68k, sh4]

dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64]
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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	3.5.0+dfsg-4+b5	1 897,4 ko	13 079,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	3.5.0+dfsg-4+b5	2 116,0 ko	11 565,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	3.5.0+dfsg-4+b5	1 816,6 ko	11 067,0 ko	[liste des fichiers]
armel	3.5.0+dfsg-4+b5	1 796,0 ko	10 806,0 ko	[liste des fichiers]
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hppa (portage non officiel)	3.5.0+dfsg-4	1 832,3 ko	10 726,0 ko	[liste des fichiers]
i386	3.5.0+dfsg-4+b5	2 191,2 ko	12 357,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	3.4.0+dfsg2-3	2 170,0 ko	21 090,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	3.5.0+dfsg-4+b4	1 912,3 ko	11 046,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	3.5.0+dfsg-4+b5	1 860,1 ko	14 385,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	3.5.0+dfsg-4	1 991,9 ko	14 650,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	3.5.0+dfsg-4+b5	1 998,1 ko	13 755,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	3.5.0+dfsg-4+b6	2 066,9 ko	9 123,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	3.5.0+dfsg-4+b5	2 013,5 ko	12 262,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	3.5.0+dfsg-4+b4	2 102,5 ko	10 796,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	3.5.0+dfsg-4	1 681,8 ko	22 589,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	3.5.0+dfsg-4+b5	2 133,1 ko	11 143,0 ko	[liste des fichiers]