Package: augustus (3.5.0+dfsg-5 and others)

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Similar packages:

predizione di geni in genomi di eucarioti

AUGUSTUS è un software per la predizione di geni in sequenze genomiche di eucarioti che è basato su un modello di Markov nascosto (HMM) generalizzato, un modello probabilistico di una sequenza e della sua struttura di geni. Dopo aver appreso le strutture dei geni da una annotazione di riferimento, AUGUSTUS usa l'HMM per riconoscere i geni in una nuova sequenza e la annota con le regioni di geni identificati. Suggerimenti esterni, es. dal sequenziamento di RNA, EST o allineamenti di proteine, ecc., possono essere usati per guidare e migliorare il processo di ricerca dei geni. Il risultato è l'insieme delle strutture di geni più probabili che rispettano tutti i vincoli dati dall'utente, se tali strutture di geni esistono. AUGUSTUS include già HMM pronti per molte specie e script per istruire modelli personalizzati usando genomi annotati.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Science: science::calculation, scope::utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, works-with::biological-sequence

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file dei dati per AUGUSTUS
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libreria dinamica per manipolare file BAM (allineamento di genoma)
dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

libreria Boost.Iostreams
dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0) [not ia64]

libreria Boost.Iostreams
dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, loong64, sh4]

Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]

Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
dep: libcolamd2 (>= 1:4.5.2) [ia64]

Package not available
dep: libcolamd3 (>= 1:7.0.1) [not ia64]

libreria di ordinamento COLAMD per matrici sparse
dep: libgcc-s1 (>= 14.2.0-19) [loong64]

libreria di supporto a GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, ppc64, ppc64el, sh4]

dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

libreria di supporto a GCC
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libreria di supporto a GCC
dep: libgsl25 (>= 2.6) [ia64]

Package not available
dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [not ia64]

GNU Scientific Library (GSL) -- pacchetto della libreria
dep: libhts3 (>= 1.10) [ia64]

libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni
dep: libhts3t64 (>= 1.17) [not ia64]

libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni
dep: libmariadb3 (>= 3.0.0)

libreria client del database MariaDB
dep: libmysql++3t64 [not ia64]

libreria C++ di collegamento per MySQL (runtime)
dep: libmysql++3v5 (>= 3.2.5-1~) [ia64]

libreria C++ di collegamento per MySQL (runtime)
dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

libreria condivisa SQLite 3
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k]

libreria GNU Standard C++, versione 3

dep: libstdc++6 (>= 14) [not ia64, m68k]

dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64]
dep: libunwind8 [ia64]

libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

rec: samtools

elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

sug: cdbfasta

strumenti Constant DataBase per indicizzazione e recupero per file multi-FASTA
sug: diamond-aligner

allineatore di sequenze locali accelerato compatibile con BLAST
sug: libdbd-mysql-perl

Interfaccia Perl5 per database MariaDB/MySQL
sug: libfile-which-perl

modulo Perl per cercare programmi eseguibili nel PATH
sug: libparallel-forkmanager-perl

simple parallel processing fork manager for Perl
sug: libyaml-perl

YAML non è un linguaggio di Markup
sug: python3-biopython

libreria Python 3 per bioinformatica

Download augustus

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	3.5.0+dfsg-5	1,909.9 kB	13,142.0 kB	[list of files]
amd64	3.5.0+dfsg-5	2,122.6 kB	11,588.0 kB	[list of files]
arm64	3.5.0+dfsg-5	1,824.3 kB	11,066.0 kB	[list of files]
armel	3.5.0+dfsg-5	1,797.4 kB	11,293.0 kB	[list of files]
armhf	3.5.0+dfsg-5	1,727.4 kB	8,349.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	3.5.0+dfsg-5	1,830.8 kB	10,721.0 kB	[list of files]
i386	3.5.0+dfsg-5	2,193.9 kB	12,400.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	3.4.0+dfsg2-3	2,170.0 kB	21,090.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	3.5.0+dfsg-5	1,897.2 kB	11,510.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	3.5.0+dfsg-5	1,908.2 kB	11,004.0 kB	[list of files]
mips64el	3.5.0+dfsg-5	1,895.9 kB	14,512.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	3.5.0+dfsg-5	1,990.5 kB	14,650.0 kB	[list of files]
ppc64el	3.5.0+dfsg-5	1,997.9 kB	13,754.0 kB	[list of files]
riscv64	3.5.0+dfsg-5	2,074.2 kB	9,126.0 kB	[list of files]
s390x	3.5.0+dfsg-5	2,014.2 kB	12,293.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	3.5.0+dfsg-5	2,156.0 kB	10,986.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	3.5.0+dfsg-5	1,679.2 kB	22,588.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	3.5.0+dfsg-5	2,134.1 kB	11,134.0 kB	[list of files]