[ Source: murasaki ]
Пакунок: murasaki-mpi (1.68.6-13 and others)
Links for murasaki-mpi
Debian Resources:
Download Source Package murasaki:
- [murasaki_1.68.6-13.dsc]
- [murasaki_1.68.6.orig-debian-tests-data.tar.gz]
- [murasaki_1.68.6.orig.tar.gz]
- [murasaki_1.68.6-13.debian.tar.xz]
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [murasaki.dna.bio.keio.ac.jp]
Similar packages:
homology detection tool across multiple large genomes (MPI-version)
Murasaki is a scalable and fast, language theory-based homology detection tool across multiple large genomes. It enable whole-genome scale multiple genome global alignments. Supports unlimited length gapped-seed patterns and unique TF-IDF based filtering.
Murasaki is an anchor alignment software, which is
* exteremely fast (17 CPU hours for whole Human x Mouse genome (with 40 nodes: 52 wall minutes)) * scalable (Arbitrarily parallelizable across multiple nodes using MPI. Even a single node with 16GB of ram can handle over 1Gbp of sequence.) * unlimited pattern length * repeat tolerant * intelligent noise reduction
This package provides the MPI-enabled binary for murasaki. While this will speed up operation on multi-processor machines it will slow down on a single processor.
Інші пакунки пов'язані з murasaki-mpi
|
|
|
|
-
- dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0)
- Операції з файловою системою (переносимі шляхи, операції з теками тощо) на Сі++
-
- dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)
- Бібліотека Boost.Iostreams
-
- dep: libboost-regex1.74.0-icu72
- virtual package provided by libboost-regex1.74.0
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386, mipsel]
- Допоміжна бібліотека GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
-
- dep: libopenmpi3 (>= 4.1.4)
- high performance message passing library -- shared library
-
- dep: libstdc++6 (>= 11)
- Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3
-
- dep: murasaki-common
- homology detection tool across multiple large genomes (common files)
Завантажити murasaki-mpi
| Архітектура | Версія | Розмір пакунка | Розмір після встановлення | Файли |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 1.68.6-13+b3 | 626.1 kB | 4,010.0 kB | [список файлів] |
| arm64 | 1.68.6-13+b3 | 548.8 kB | 4,114.0 kB | [список файлів] |
| armel | 1.68.6-13+b3 | 409.5 kB | 2,948.0 kB | [список файлів] |
| armhf | 1.68.6-13+b3 | 418.0 kB | 2,116.0 kB | [список файлів] |
| i386 | 1.68.6-13+b3 | 636.0 kB | 3,740.0 kB | [список файлів] |
| mips64el | 1.68.6-13+b3 | 592.0 kB | 5,394.0 kB | [список файлів] |
| mipsel | 1.68.6-13+b3 | 580.4 kB | 4,750.0 kB | [список файлів] |
| ppc64el | 1.68.6-13+b2 | 626.2 kB | 5,202.0 kB | [список файлів] |
| s390x | 1.68.6-13+b2 | 557.7 kB | 4,266.0 kB | [список файлів] |