[ Zdroj: r-bioc-grohmm ]
Balík: r-bioc-grohmm (1.40.3-3 a iné)
Odkazy pre r-bioc-grohmm
Zdroje Debian:
Stiahnuť zdrojový balík r-bioc-grohmm:
- [r-bioc-grohmm_1.40.3-3.dsc]
- [r-bioc-grohmm_1.40.3.orig.tar.gz]
- [r-bioc-grohmm_1.40.3-3.debian.tar.xz]
Správcovia:
Externé zdroje:
- Domovská stránka [bioconductor.org]
Podobné balíky:
GRO-seq Analysis Pipeline
This BioConductor package provides a pipeline for the analysis of GRO- seq data. Among the more advanced features, r-bioc-grohmm predicts the boundaries of transcriptional activity across the genome de novo using a two-state hidden Markov model (HMM).
The used model essentially divides the genome into transcribed and non- transcribed regions in a strand specific manner. HMMs are used to identify the leading edge of Pol II at genes activated by a stimulus in GRO-seq time course data. This approach allows the genome-wide interrogation of transcription rates in cells.
Ostatné balíky súvisiace s balíkom r-bioc-grohmm
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.16) [x32]
- knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]
- dep: libc6 (>= 2.2) [hppa]
- dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]
- dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
- dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, mips64el, ppc64, s390x]
- dep: libc6 (>= 2.41) [loong64]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]
- knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
-
- dep: r-api-4.0
- virtuálny balík poskytovaný balíkom r-base-core
-
- dep: r-api-bioc-3.16 [x32]
- Balík nie je dostupný
-
- dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, sh4]
- Balík nie je dostupný
-
- dep: r-api-bioc-3.20 [nie hppa, ia64, sh4, x32]
- virtuálny balík poskytovaný balíkom r-bioc-biocgenerics
-
- dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1) [x32]
- jadro GNU R na štatistické výpočty a grafický systém
-
- dep: r-bioc-genomeinfodb
- BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers
-
- dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.15.6)
- BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments
-
- dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.8)
- BioConductor representation and manipulation of genomic intervals
-
- dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.12)
- GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges
-
- dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.39.7)
- GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks
-
- dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.17.25)
- BioConductor S4 implementation of vectors and lists
-
- dep: r-cran-mass
- balík MASS pre GNU R od Venable a Ripley
-
- sug: r-bioc-biocstyle
- standard styles for vignettes and other Bioconductor documents
-
- sug: r-bioc-edger
- Empirical analysis of digital gene expression data in R
-
- sug: r-bioc-genomicfeatures
- GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations
-
- sug: r-bioc-org.hs.eg.db
- genome-wide annotation for Human
Stiahnuť r-bioc-grohmm
| Architektúra | Verzia | Veľkosť balíka | Nainštalovaná veľkosť | Súbory |
|---|---|---|---|---|
| alpha (neoficiálny port) | 1.40.3-3 | 4,350.6 kB | 4,529.0 kB | [zoznam súborov] |
| amd64 | 1.40.3-3 | 4,350.1 kB | 4,521.0 kB | [zoznam súborov] |
| arm64 | 1.40.3-3 | 4,347.9 kB | 4,529.0 kB | [zoznam súborov] |
| hppa (neoficiálny port) | 1.36.0-1 | 4,343.5 kB | 4,516.0 kB | [zoznam súborov] |
| ia64 (neoficiálny port) | 1.36.0-1 | 4,349.2 kB | 4,558.0 kB | [zoznam súborov] |
| loong64 (neoficiálny port) | 1.40.3-3 | 4,349.2 kB | 4,529.0 kB | [zoznam súborov] |
| mips64el | 1.40.3-3 | 4,348.0 kB | 4,532.0 kB | [zoznam súborov] |
| ppc64 (neoficiálny port) | 1.40.3-3 | 4,353.6 kB | 4,594.0 kB | [zoznam súborov] |
| ppc64el | 1.40.3-3 | 4,353.2 kB | 4,529.0 kB | [zoznam súborov] |
| riscv64 | 1.40.3-3 | 4,349.5 kB | 4,505.0 kB | [zoznam súborov] |
| s390x | 1.40.3-3 | 4,351.4 kB | 4,521.0 kB | [zoznam súborov] |
| sh4 (neoficiálny port) | 1.36.0-1 | 4,344.3 kB | 4,522.0 kB | [zoznam súborov] |
| x32 (neoficiálny port) | 1.32.0-1 | 4,332.9 kB | 4,498.0 kB | [zoznam súborov] |