Пакет: r-bioc-grohmm (1.40.3-3 и другие)

Ссылки для r-bioc-grohmm

Ресурсы Debian:

Исходный код r-bioc-grohmm:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [bioconductor.org]

Подобные пакеты:

GRO-seq Analysis Pipeline

This BioConductor package provides a pipeline for the analysis of GRO- seq data. Among the more advanced features, r-bioc-grohmm predicts the boundaries of transcriptional activity across the genome de novo using a two-state hidden Markov model (HMM).

The used model essentially divides the genome into transcribed and non- transcribed regions in a strand specific manner. HMMs are used to identify the leading edge of Pol II at genes activated by a stimulus in GRO-seq time course data. This approach allows the genome-wide interrogation of transcription rates in cells.

Другие пакеты, относящиеся к r-bioc-grohmm

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.2) [hppa]

dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, mips64el, ppc64, s390x]

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64]
dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: r-api-4.0

виртуальный пакет, предоставляемый r-base-core
dep: r-api-bioc-3.16 [x32]

Пакет недоступен
dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, sh4]

Пакет недоступен
dep: r-api-bioc-3.20 [не hppa, ia64, sh4, x32]

виртуальный пакет, предоставляемый r-bioc-biocgenerics
dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1) [x32]

GNU R core of statistical computation and graphics system
dep: r-bioc-genomeinfodb

BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers
dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.15.6)

BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments
dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.8)

BioConductor representation and manipulation of genomic intervals
dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.12)

GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges
dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.39.7)

GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks
dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.17.25)

BioConductor S4 implementation of vectors and lists
dep: r-cran-mass

GNU R package of Venables and Ripley's MASS

sug: r-bioc-biocstyle

standard styles for vignettes and other Bioconductor documents
sug: r-bioc-edger

Empirical analysis of digital gene expression data in R
sug: r-bioc-genomicfeatures

GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations
sug: r-bioc-org.hs.eg.db

genome-wide annotation for Human

Загрузка r-bioc-grohmm

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	1.40.3-3	4 350,6 Кб	4 529,0 Кб	[список файлов]
amd64	1.40.3-3	4 350,1 Кб	4 521,0 Кб	[список файлов]
arm64	1.40.3-3	4 347,9 Кб	4 529,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	1.36.0-1	4 343,5 Кб	4 516,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	1.36.0-1	4 349,2 Кб	4 558,0 Кб	[список файлов]
loong64 (неофициальный перенос)	1.40.3-3	4 349,2 Кб	4 529,0 Кб	[список файлов]
mips64el	1.40.3-3	4 348,0 Кб	4 532,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	1.40.3-3	4 353,6 Кб	4 594,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	1.40.3-3	4 353,2 Кб	4 529,0 Кб	[список файлов]
riscv64	1.40.3-3	4 349,5 Кб	4 505,0 Кб	[список файлов]
s390x	1.40.3-3	4 351,4 Кб	4 521,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	1.36.0-1	4 344,3 Кб	4 522,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	1.32.0-1	4 332,9 Кб	4 498,0 Кб	[список файлов]