Pakiet: murasaki-mpi (1.68.6-14 i inne)

Odnośniki dla murasaki-mpi

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego murasaki:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [murasaki.dna.bio.keio.ac.jp]

Podobne pakiety:

homology detection tool across multiple large genomes (MPI-version)

Murasaki is a scalable and fast, language theory-based homology detection tool across multiple large genomes. It enable whole-genome scale multiple genome global alignments. Supports unlimited length gapped-seed patterns and unique TF-IDF based filtering.

Murasaki is an anchor alignment software, which is

 * exteremely fast (17 CPU hours for whole Human x Mouse genome (with
   40 nodes: 52 wall minutes))
 * scalable (Arbitrarily parallelizable across multiple nodes using MPI.
   Even a single node with 16GB of ram can handle over 1Gbp of sequence.)
 * unlimited pattern length
 * repeat tolerant
 * intelligent noise reduction

This package provides the MPI-enabled binary for murasaki. While this will speed up operation on multi-processor machines it will slow down on a single processor.

Inne pakiety związane z murasaki-mpi

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0)

filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++
dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

Biblioteka Boost.Iostreams
dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, ia64, loong64, sh4]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libmpich12 [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

Shared libraries for MPICH

dep: libmpich12 (>= 4.2.0) [x32]
dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [ia64]

high performance message passing library -- shared library
dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [nie armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, sh4, x32]

high performance message passing library -- shared library
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

dep: libstdc++6 (>= 14) [nie ia64, m68k]
dep: libunwind8 [ia64]

Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe
dep: murasaki-common

homology detection tool across multiple large genomes (common files)

Pobieranie murasaki-mpi

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.68.6-14+b1	638,1 KiB	5 113,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.68.6-14+b1	676,9 KiB	4 527,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.68.6-14+b1	581,3 KiB	4 455,0 KiB	[lista plików]
armel	1.68.6-14	492,4 KiB	3 433,0 KiB	[lista plików]
armhf	1.68.6-14	502,7 KiB	2 429,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1.68.6-14	627,1 KiB	4 102,0 KiB	[lista plików]
i386	1.68.6-14	685,4 KiB	4 298,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1.68.6-13+b5	766,7 KiB	9 658,0 KiB	[lista plików]
loong64 (port nieoficjalny)	1.68.6-14+b1	616,7 KiB	4 501,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1.68.6-14	634,2 KiB	4 589,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.68.6-14+b1	635,8 KiB	6 005,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1.68.6-14+b1	647,8 KiB	5 927,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.68.6-14+b1	652,6 KiB	5 735,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.68.6-14+b1	629,6 KiB	3 299,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.68.6-14+b1	657,4 KiB	4 974,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.68.6-14	644,5 KiB	4 173,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.68.6-14+b1	546,3 KiB	13 466,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.68.6-14	647,4 KiB	4 093,0 KiB	[lista plików]