Pakiet: murasaki-mpi (1.68.6-14 i inne)

Odnośniki dla murasaki-mpi

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego murasaki:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [murasaki.dna.bio.keio.ac.jp]

Podobne pakiety:

homology detection tool across multiple large genomes (MPI-version)

Murasaki is a scalable and fast, language theory-based homology detection tool across multiple large genomes. It enable whole-genome scale multiple genome global alignments. Supports unlimited length gapped-seed patterns and unique TF-IDF based filtering.

Murasaki is an anchor alignment software, which is

 * exteremely fast (17 CPU hours for whole Human x Mouse genome (with
   40 nodes: 52 wall minutes))
 * scalable (Arbitrarily parallelizable across multiple nodes using MPI.
   Even a single node with 16GB of ram can handle over 1Gbp of sequence.)
 * unlimited pattern length
 * repeat tolerant
 * intelligent noise reduction

This package provides the MPI-enabled binary for murasaki. While this will speed up operation on multi-processor machines it will slow down on a single processor.

Inne pakiety związane z murasaki-mpi

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0)

filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++
dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

Biblioteka Boost.Iostreams
dep: libc6 (>= 2.38)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf, riscv64]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
dep: libmpich12 [armel, armhf, i386]

Shared libraries for MPICH
dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [nie armel, armhf, i386]

high performance message passing library -- shared library
dep: libstdc++6 (>= 14)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: murasaki-common

homology detection tool across multiple large genomes (common files)

Pobieranie murasaki-mpi

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	1.68.6-14+b1	676,9 KiB	4 527,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.68.6-14+b1	581,3 KiB	4 455,0 KiB	[lista plików]
armel	1.68.6-14	492,4 KiB	3 433,0 KiB	[lista plików]
armhf	1.68.6-14	502,7 KiB	2 429,0 KiB	[lista plików]
i386	1.68.6-14	685,4 KiB	4 298,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.68.6-14+b1	652,6 KiB	5 735,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.68.6-14+b1	629,6 KiB	3 299,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.68.6-14+b1	657,4 KiB	4 974,0 KiB	[lista plików]