Paketti: murasaki-mpi (1.68.6-14 ja muut)

Links for murasaki-mpi

Debian-palvelut:

Imuroi lähdekoodipaketti murasaki:

Ylläpitäjät:

External Resources:

Kotisivu [murasaki.dna.bio.keio.ac.jp]

Samankaltaisia paketteja:

homology detection tool across multiple large genomes (MPI-version)

Murasaki is a scalable and fast, language theory-based homology detection tool across multiple large genomes. It enable whole-genome scale multiple genome global alignments. Supports unlimited length gapped-seed patterns and unique TF-IDF based filtering.

Murasaki is an anchor alignment software, which is

 * exteremely fast (17 CPU hours for whole Human x Mouse genome (with
   40 nodes: 52 wall minutes))
 * scalable (Arbitrarily parallelizable across multiple nodes using MPI.
   Even a single node with 16GB of ram can handle over 1Gbp of sequence.)
 * unlimited pattern length
 * repeat tolerant
 * intelligent noise reduction

This package provides the MPI-enabled binary for murasaki. While this will speed up operation on multi-processor machines it will slow down on a single processor.

Muut pakettiin murasaki-mpi liittyvät paketit

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0)

filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++
dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

Boost.Iostreams -kirjasto
dep: libc6 (>= 2.38) [ei alpha, ia64, loong64, sh4]

GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

GCC:n apukirjasto

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC:n apukirjasto
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

GCC:n apukirjasto
dep: libmpich12 [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

Shared libraries for MPICH

dep: libmpich12 (>= 4.2.0) [x32]
dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [ia64]

high performance message passing library -- shared library
dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [ei armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, sh4, x32]

high performance message passing library -- shared library
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

dep: libstdc++6 (>= 14) [ei ia64, m68k]
dep: libunwind8 [ia64]

library to determine the call-chain of a program - runtime
dep: murasaki-common

homology detection tool across multiple large genomes (common files)

Imuroi murasaki-mpi

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	1.68.6-14+b1	638.1 kt	5,113.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	1.68.6-14+b1	676.9 kt	4,527.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	1.68.6-14+b1	581.3 kt	4,455.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	1.68.6-14	492.4 kt	3,433.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	1.68.6-14	502.7 kt	2,429.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	1.68.6-14	627.1 kt	4,102.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	1.68.6-14	685.4 kt	4,298.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	1.68.6-13+b5	766.7 kt	9,658.0 kt	[tiedostoluettelo]
loong64 (epävirallinen siirros)	1.68.6-14+b1	616.7 kt	4,501.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	1.68.6-14	634.2 kt	4,589.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	1.68.6-14+b1	635.8 kt	6,005.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	1.68.6-14+b1	647.8 kt	5,927.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	1.68.6-14+b1	652.6 kt	5,735.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	1.68.6-14+b1	629.6 kt	3,299.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	1.68.6-14+b1	657.4 kt	4,974.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	1.68.6-14	644.5 kt	4,173.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	1.68.6-14+b1	546.3 kt	13,466.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	1.68.6-14	647.4 kt	4,093.0 kt	[tiedostoluettelo]