Package: sim4 (0.0.20121010-8 and others)
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- Homepage [globin.bx.psu.edu]
Similar packages:
cDNS와 게놈 DNA를 정렬하는 도구
sim4는 발현된 DNA 서열 (EST, cDNA, mRNA)을 유전자의 게놈 서열과 정렬하기 위한 유사성 기반 도구입니다. 또한 두 개의 입력 시퀀스가 한쪽 끝에서 겹칠 때 (즉, 한 시퀀스의 시작이 다른 시퀀스의 끝과 겹칠 때) 끝 일치를 감지합니다.
sim4는 먼저 "exon cores"를 나타내는 기본 일치 블록을 결정하기 위해 폭발 기반 기술을 사용합니다. 이 첫 번째 단계에서는 두 서열 사이의 W-mer(즉, W 크기의 DNA 단어)의 가능한 모든 정확한 일치를 검색하고 이를 최대 점수 공백 없는 세그먼트로 확장합니다. 두 번째 단계에서는 탐욕적 정렬 알고리즘을 사용하여 exon cores를 아직 일치하지 않는 인접한 조각으로 확장하고 경험적 방법을 사용하여 스플라이스 사이트 인식 신호 (GT-AG, CT-AC)를 준수하는 구성을 선호합니다. 필요한 경우 일치하지 않는 조각에 대해 덜 엄격한 매개변수를 사용하여 프로세스가 반복됩니다.
Other Packages Related to sim4
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- dep: libc6 (>= 2.29) [not alpha, arm64, ia64, loong64, riscv64, sh4]
- GNU C 라이브러리: 공유 라이브러리
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]
- dep: libc6 (>= 2.34) [arm64, riscv64]
- dep: libc6 (>= 2.36) [loong64]
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- dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]
- GNU C 라이브러리: 공유 라이브러리
also a virtual package provided by libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]
Download sim4
Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
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alpha (unofficial port) | 0.0.20121010-8 | 354.4 kB | 1,391.0 kB | [list of files] |
amd64 | 0.0.20121010-8 | 350.8 kB | 1,371.0 kB | [list of files] |
arm64 | 0.0.20121010-8+b1 | 348.0 kB | 1,407.0 kB | [list of files] |
armel | 0.0.20121010-8 | 346.0 kB | 1,362.0 kB | [list of files] |
armhf | 0.0.20121010-8 | 344.3 kB | 1,334.0 kB | [list of files] |
hppa (unofficial port) | 0.0.20121010-8 | 349.0 kB | 1,362.0 kB | [list of files] |
i386 | 0.0.20121010-8 | 353.0 kB | 1,378.0 kB | [list of files] |
ia64 (unofficial port) | 0.0.20121010-8 | 364.7 kB | 1,452.0 kB | [list of files] |
loong64 (unofficial port) | 0.0.20121010-8 | 349.2 kB | 1,374.0 kB | [list of files] |
m68k (unofficial port) | 0.0.20121010-8 | 340.8 kB | 1,350.0 kB | [list of files] |
mips64el | 0.0.20121010-8 | 350.1 kB | 1,379.0 kB | [list of files] |
ppc64 (unofficial port) | 0.0.20121010-8 | 355.7 kB | 1,408.0 kB | [list of files] |
ppc64el | 0.0.20121010-8 | 356.3 kB | 1,407.0 kB | [list of files] |
riscv64 | 0.0.20121010-8+b1 | 352.4 kB | 1,355.0 kB | [list of files] |
s390x | 0.0.20121010-8 | 349.9 kB | 1,375.0 kB | [list of files] |
sh4 (unofficial port) | 0.0.20121010-8 | 349.8 kB | 1,342.0 kB | [list of files] |
sparc64 (unofficial port) | 0.0.20121010-8 | 345.9 kB | 1,369.0 kB | [list of files] |
x32 (unofficial port) | 0.0.20121010-8 | 349.6 kB | 1,366.0 kB | [list of files] |