Package: sim4 (0.0.20121010-8)

cDNS와 게놈 DNA를 정렬하는 도구

sim4는 발현된 DNA 서열 (EST, cDNA, mRNA)을 유전자의 게놈 서열과 정렬하기 위한 유사성 기반 도구입니다. 또한 두 개의 입력 시퀀스가 한쪽 끝에서 겹칠 때 (즉, 한 시퀀스의 시작이 다른 시퀀스의 끝과 겹칠 때) 끝 일치를 감지합니다.

sim4는 먼저 "exon cores"를 나타내는 기본 일치 블록을 결정하기 위해 폭발 기반 기술을 사용합니다. 이 첫 번째 단계에서는 두 서열 사이의 W-mer(즉, W 크기의 DNA 단어)의 가능한 모든 정확한 일치를 검색하고 이를 최대 점수 공백 없는 세그먼트로 확장합니다. 두 번째 단계에서는 탐욕적 정렬 알고리즘을 사용하여 exon cores를 아직 일치하지 않는 인접한 조각으로 확장하고 경험적 방법을 사용하여 스플라이스 사이트 인식 신호 (GT-AG, CT-AC)를 준수하는 구성을 선호합니다. 필요한 경우 일치하지 않는 조각에 대해 덜 엄격한 매개변수를 사용하여 프로세스가 반복됩니다.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, use::searching, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

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