パッケージ: spades (3.15.5+dfsg-2)

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ホームページ [cab.spbu.ru]

類似のパッケージ:

genome assembler for single-cell and isolates data sets

The SPAdes – St. Petersburg genome assembler is intended for both standard isolates and single-cell MDA bacteria assemblies. It works with Illumina or IonTorrent reads and is capable of providing hybrid assemblies using PacBio and Sanger reads. You can also provide additional contigs that will be used as long reads.

This package provides the following additional pipelines:

 * metaSPAdes – a pipeline for metagenomic data sets
 * plasmidSPAdes – a pipeline for extracting and assembling plasmids
   from WGS data sets
 * metaplasmidSPAdes – a pipeline for extracting and assembling
   plasmids from metagenomic data sets
 * rnaSPAdes – a de novo transcriptome assembler from RNA-Seq data
 * truSPAdes – a module for TruSeq barcode assembly
 * biosyntheticSPAdes – a module for biosynthetic gene cluster
   assembly with paired-end reads

SPAdes provides several stand-alone binaries with relatively simple command-line interface: k-mer counting (spades-kmercounter), assembly graph construction (spades-gbuilder) and long read to graph aligner (spades-gmapper).

タグ: 生物学: 核酸, 分野: 生物学, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, 実装言語: Python, ユーザインタフェース: interface::commandline, role::program, 対象範囲: ユーティリティ, 取り扱い対象: works-with::biological-sequence, works-with::file

その他の spades 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: bamtools

BAM（ゲノムアラインメント）ファイルの操作用ツール
dep: bwa

Burrows-Wheeler Aligner
dep: libc6 (>= 2.34)

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 4.0)

GCC 共有ライブラリ
dep: libgomp1 (>= 6)

GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ
dep: libnlopt0 (>= 2.6.1)

nonlinear optimization library
dep: libssw0 (>= 1.1)

fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
dep: libstdc++6 (>= 12)

GNU 標準 C++ ライブラリ v3
dep: python3

対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)
dep: python3-distutils

distutils package for Python 3.x
dep: python3-joblib

tools to provide lightweight pipelining in Python
dep: python3-yaml

YAML parser and emitter for Python3
dep: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

圧縮ライブラリ - ランタイム

spades のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	8,460.1 kB	36,984.0 kB	[ファイル一覧]