Package: sim4 (0.0.20121010-8) [debports]

strumento per allineare cDNA e DNA genomico

sim4 è uno strumento che si basa su criteri di somiglianza per allineare sequenze di DNA espresse (EST, cDNA, mRNA) con sequenze genomiche per un gene. Rileva anche le sequenze di fine quando due sequenze si sovrappongono ad una estremità (cioè l'inizio di una sequenza si sovrappone alla fine di un'altra).

sim4 utilizza una tecnica basata su "blast" per determinare dapprima i blocchi di corrispondenza di base che rappresentano i nuclei centrali degli esoni. In questa prima fase, rileva tutte le possibili corrispondenze esatte di N-meri (cioè parole di DNA di dimensione N) tra le due sequenze e le estende a segmenti ininterrotti con il punteggio massimo. Nella seconda fase, i nuclei degli esoni vengono estesi nei frammenti adiacenti ancora senza corrispondenze usando algoritmi di allineamento "greedy" e vengono utilizzati metodi euristici per favorire le configurazioni che sono conformi ai segnali di riconoscimento dei siti di splicing (GT-AG, CT-AC). Se necessario il processo viene ripetuto sui frammenti senza corrispondenze, con parametri meno stringenti.

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