Package: sim4 (0.0.20121010-8) [debports]
Links for sim4
Debian Resources:
Download Source Package :
Not foundMaintainers:
External Resources:
- Homepage [globin.bx.psu.edu]
Similar packages:
Nástroj pro uspořádání cDNA a genomu DNA
sim4 je nástroj založený na podobnosti sloužící k uspořádání nějak vyjádřené sekvence DNA (EST, cDNA, mRNA) s genomovou sekvencí daného genu. Také detekuje konec shody jakmile se dvě vstupní sekvence překrývají na konci jedné (např. začátek jedné sekvence překrývá konec sekvence jiné).
sim4 využívá techniky blast a pomocí ní určí základní bloky reprezentující "jádra exon". Nejprve detekuje možné přesné shody W-méru (např. slova DNA o velikosti W) mezi dvěma sekvencemi a rozšíří je na maximální skórovací segmenty bez mezer. V druhé fázi jsou exonová jádra rozšířena o sousední dosud nepostižené fragmenty pomocí hladového algoritmu uspořádání. Dál se využije heuristika, která nalezne odpovídající si páry (GT-AG, CT-AC). Je-li to nutné, proces se zopakuje na dříve nepostižených částech s méně přísnými podmínkami.
Other Packages Related to sim4
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.29)
- Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
also a virtual package provided by libc6-udeb
Download sim4
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| ppc64 (unofficial port) | 355.7 kB | 1,408.0 kB | [list of files] |