Package: ecopcr (1.0.1+dfsg-4 and others)
Links for ecopcr
Debian Resources:
Download Source Package ecopcr:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [git.metabarcoding.org]
Similar packages:
stima della qualità dei primer dei codici a barre PCR
Il DNA barcoding è uno strumento per caratterizzare l'origine delle specie usando una sequenza corta da una posizione standard e concordata del genoma. Per essere usato come codice a barre del DNA, un locus del genoma dovrebbe variare tra gli individui della stessa specie solo in modo contenuto e dovrebbe variare tra specie molto rapidamente. Da un punto di vista pratico, un locus per codice a barre dovrebbe essere affiancato da due regioni conservate per designare primer per PCR. Diversi loci di codici a barre scoperti manualmente come COI, rbcL, rRNA 23S, 18S e 16S, o trnH-ps oggi sono usati abitualmente, ma nessuna funzione obiettiva è stata descritta per misurare la loro qualità in termini di universalità (copertura del codice a barre, barcode coverage o Bc) o in termini di capacità di discriminazione tassonomica (specificità del codice a barre, barcode specificity o Bs).
ecoPCR è un software per PCR elettronico sviluppato da LECA e Helix-Project. Aiuta a stimare la qualità dei primer per barcoding. Insieme a OBITools si può post-elaborare l'output di ecoPCR per calcolare la copertura e la specificità del codice a barre. Nuovi primer per barcoding possono essere sviluppati usando il software ecoPrimers.
Other Packages Related to ecopcr
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- dep: libc6 (>= 2.29) [not alpha, ia64, riscv64, sh4]
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.33) [sh4]
- dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]
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- dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]
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- dep: python3
- linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)
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- dep: python3-reportlab
- libreria ReportLab per creare documenti PDF usando Python3
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- libreria di compressione - runtime
Download ecopcr
| Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|---|
| alpha (unofficial port) | 1.0.1+dfsg-4 | 56.9 kB | 244.0 kB | [list of files] |
| amd64 | 1.0.1+dfsg-4 | 55.8 kB | 248.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 1.0.1+dfsg-4 | 55.6 kB | 228.0 kB | [list of files] |
| armel | 1.0.1+dfsg-4 | 52.7 kB | 208.0 kB | [list of files] |
| armhf | 1.0.1+dfsg-4 | 50.9 kB | 180.0 kB | [list of files] |
| hppa (unofficial port) | 1.0.1+dfsg-4 | 57.2 kB | 220.0 kB | [list of files] |
| i386 | 1.0.1+dfsg-4 | 56.5 kB | 244.0 kB | [list of files] |
| ia64 (unofficial port) | 1.0.1+dfsg-4 | 70.1 kB | 332.0 kB | [list of files] |
| m68k (unofficial port) | 1.0.1+dfsg-4 | 52.0 kB | 248.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 1.0.1+dfsg-4 | 55.6 kB | 245.0 kB | [list of files] |
| ppc64 (unofficial port) | 1.0.1+dfsg-4 | 59.0 kB | 612.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 1.0.1+dfsg-4 | 59.3 kB | 612.0 kB | [list of files] |
| riscv64 | 1.0.1+dfsg-4+b1 | 57.6 kB | 213.0 kB | [list of files] |
| s390x | 1.0.1+dfsg-4 | 52.9 kB | 244.0 kB | [list of files] |
| sh4 (unofficial port) | 1.0.1+dfsg-4 | 56.1 kB | 202.0 kB | [list of files] |
| sparc64 (unofficial port) | 1.0.1+dfsg-4 | 52.4 kB | 231.0 kB | [list of files] |
| x32 (unofficial port) | 1.0.1+dfsg-4 | 55.3 kB | 244.0 kB | [list of files] |