Paquet : ecopcr (1.0.1+dfsg-4 et autres)

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Paquets similaires :

estimate PCR barcode primers quality

DNA barcoding is a tool for characterizing the species origin using a short sequence from a standard position and agreed upon position in the genome. To be used as a DNA barcode, a genome locus should vary among individuals of the same species only to a minor degree and it should vary among species very quickly. From a practical point of view, a barcode locus should be ﬂanked by two conserved regions to design PCR primers. Several manually discovered barcode loci like COI, rbcL, 18S, 16S and 23S rDNA, or trnH-ps are routinely used today, but no objective function has been described to measure their quality in terms of universality (barcode coverage, Bc ) or in terms of taxonomical discrimination capacity (barcode speciﬁcity, Bs ).

ecoPCR is an electronic PCR software developed by LECA and Helix-Project. It helps to estimate Barcode primers quality. In conjunction with OBITools you can postprocess ecoPCR output to compute barcode coverage and barcode speciﬁcity. New barcode primers can be developed using the ecoPrimers software

Autres paquets associés à ecopcr

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.29) [non alpha, ia64, riscv64, sh4]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.33) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]
dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
dep: python3-reportlab

bibliothèque ReportLab pour créer des documents PDF en utilisant Python3
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger ecopcr

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.0.1+dfsg-4	56,9 ko	244,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.0.1+dfsg-4	55,8 ko	248,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.0.1+dfsg-4	55,6 ko	228,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.0.1+dfsg-4	52,7 ko	208,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.0.1+dfsg-4	50,9 ko	180,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.0.1+dfsg-4	57,2 ko	220,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.0.1+dfsg-4	56,5 ko	244,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.0.1+dfsg-4	70,1 ko	332,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.0.1+dfsg-4	52,0 ko	248,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.0.1+dfsg-4	55,6 ko	245,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.0.1+dfsg-4	59,0 ko	612,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.0.1+dfsg-4	59,3 ko	612,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.0.1+dfsg-4+b1	57,6 ko	213,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.0.1+dfsg-4	52,9 ko	244,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.0.1+dfsg-4	56,1 ko	202,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.0.1+dfsg-4	52,4 ko	231,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.0.1+dfsg-4	55,3 ko	244,0 ko	[liste des fichiers]