Package: dotter (4.44.1+dfsg-7.1 and others)

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Similar packages:

confronto dettagliato tra due sequenze genomiche

Dotter è un programma a matrice di punti grafico per confronto dettagliato di due sequenze.

 * Ciascun residuo in una sequenza è confrontato con ciascun residuo
   nell'altra e viene calcolata una matrice di punteggi.
 * Una sequenza è disegnata sull'asse x e l'altra sull'asse y.
 * Il rumore viene filtrato in modo che gli allineamenti appaiano come
   linee diagonali.
 * I punteggi delle coppie sono mediati con una finestra mobile per rendere
   la matrice dei punteggi più intelligibile.
 * La matrice dei punteggi mediati forma un paesaggio tridimensionale, con
   le due sequenze in due dimensioni e l'altezza dei picchi sulla terza.
   Questo paesaggio è proiettato in due dimensioni usando un'immagine a
   scala di grigi, più scuro è un picco, più alto è il punteggio.
 * Il contrasto e la soglia dell'immagine a scala di grigi possono essere
   regolati interattivamente, senza dover ricalcolare la matrice dei
   punteggi.
 * È fornito uno strumento di allineamento per esaminare l'allineamento
   delle sequenze che l'immagine a scala di grigi rappresenta.
 * Le coppie conosciute con punteggi alti possono essere caricate da un
   file GFF e sovrapposte al grafico.
 * I modelli dei geni possono essere caricati da GFF e visualizzati accanto
   all'asse relativo.
 * Confrontare una sequenza con sé stessa per trovare ripetizioni interne.
 * Trovare sovrapposizioni tra sequenze multiple facendo un grafico a punti
   di tutte le sequenze verso loro stesse.
 * Eseguire Dotter in modalità non interattiva come processo sullo sfondo
   per creare grafici a punti grandi, che richiedono molto tempo.

Tags: Interface Toolkit: GTK

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dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
dep: libcairo2 (>= 1.2.4)

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dep: libcurl4 (>= 7.16.2) [ia64]

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dep: libcurl4t64 (>= 7.16.2) [not ia64]

libreria lato client facile da usare per il trasferimento di URL (versione OpenSSL)
dep: libgbtools0t64 (>= 4.44.1+dfsg)

libreria per visualizzare allineamenti di sequenze
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, hppa, ia64, m68k, sh4]

libreria di supporto a GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

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dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

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dep: libgtk2.0-0t64 (>= 2.12.0)

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dep: libpango-1.0-0 (>= 1.14.0)

impaginazione e rendering di testo internazionalizzato
dep: libpangocairo-1.0-0 (>= 1.14.0)

impaginazione e rendering di testo internazionalizzato
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

libreria GNU Standard C++, versione 3
dep: libunwind8 [ia64]

libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

Download dotter

Download for all available architectures
Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	4.44.1+dfsg-7.1+b2	591.7 kB	841.0 kB	[list of files]
amd64	4.44.1+dfsg-7.1+b3	597.2 kB	809.0 kB	[list of files]
arm64	4.44.1+dfsg-7.1+b3	584.7 kB	837.0 kB	[list of files]
armel	4.44.1+dfsg-7.1+b3	576.7 kB	771.0 kB	[list of files]
armhf	4.44.1+dfsg-7.1+b3	577.9 kB	707.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	4.44.1+dfsg-7.1+b2	593.2 kB	792.0 kB	[list of files]
i386	4.44.1+dfsg-7.1+b3	604.3 kB	835.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	4.44.1+dfsg-7.1	621.8 kB	1,052.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	4.44.1+dfsg-7.1+b2	591.8 kB	837.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	4.44.1+dfsg-7.1+b2	592.0 kB	811.0 kB	[list of files]
mips64el	4.44.1+dfsg-7.1+b3	600.6 kB	924.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	4.44.1+dfsg-7.1+b2	602.4 kB	965.0 kB	[list of files]
ppc64el	4.44.1+dfsg-7.1+b3	602.2 kB	901.0 kB	[list of files]
riscv64	4.44.1+dfsg-7.1+b3	593.5 kB	757.0 kB	[list of files]
s390x	4.44.1+dfsg-7.1+b3	593.2 kB	825.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	4.44.1+dfsg-7.1+b2	607.6 kB	837.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	4.44.1+dfsg-7.1+b2	579.6 kB	1,555.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	4.44.1+dfsg-7.1+b2	597.5 kB	787.0 kB	[list of files]