Package: art-nextgen-simulation-tools (20160605+dfsg-5 and others)

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strumenti di simulazione per generare letture sintetiche di sequenziamento di prossima generazione

ART è un insieme di strumenti di simulazione per generare letture sintetiche di sequenziamento di prossima generazione. ART simula letture di sequenziamento imitando il procedimento reale di sequenziamento con modelli empirici di errore o profili di qualità riassunti da grandi dati di sequenziamento ricalibrati. ART può anche simulare letture usando modelli di errore o profili di qualità dell'utente. ART gestisce la simulazione di letture a estremità singole, estremità accoppiate/mate-pair delle tre principali piattaforme commerciali di sequenziamento di prossima generazione: Solexa di Illumina, 454 di Roche e SOLiD di Applied Biosystems. ART può essere usato per test o benchmark di svariati metodi o strumenti per analisi di dati di sequenziamento di prossima generazione, inclusi allineamento di letture, assemblaggio de novo, SNP e scoperta di variazioni di struttura. ART è stato usato come strumento principale per lo studio di simulazione del 1000 Genomes Project. ART è implementato in C++ con algoritmi ottimizzati ed è molto efficiente nella simulazione delle letture. ART fa l'output delle letture nel formato FASTQ e degli allineamenti nel formato ALN. ART può anche generare allineamenti nel formato di file SAM per allineamenti o UCSC BED. ART può esser usato insieme ai simulatori di varianti del genoma (es. VarSim) per valutare strumenti o metodi di identificazione di varianti.

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libreria GNU Standard C++, versione 3
dep: libunwind8 [ia64]

libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

sug: art-nextgen-simulation-tools-profiles

profili per strumenti di simulazione ART

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	20160605+dfsg-5+b1	1,638.0 kB	9,228.0 kB	[list of files]
amd64	20160605+dfsg-5+b1	1,649.3 kB	9,109.0 kB	[list of files]
arm64	20160605+dfsg-5+b1	1,632.3 kB	9,161.0 kB	[list of files]
armel	20160605+dfsg-5+b1	1,625.3 kB	9,042.0 kB	[list of files]
armhf	20160605+dfsg-5+b1	1,633.2 kB	8,950.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	20160605+dfsg-5+b1	1,636.5 kB	9,056.0 kB	[list of files]
i386	20160605+dfsg-5+b1	1,654.8 kB	9,134.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	20160605+dfsg-5	1,670.8 kB	9,483.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	20160605+dfsg-5+b1	1,642.4 kB	9,097.0 kB	[list of files]
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ppc64el	20160605+dfsg-5+b1	1,648.2 kB	9,225.0 kB	[list of files]
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x32 (unofficial port)	20160605+dfsg-5+b1	1,646.4 kB	9,086.0 kB	[list of files]