RNA-Seq tramite Expectation-Maximization
RSEM è un pacchetto software per stimare i livelli di espressione di
isoforme e geni da dati RNA-Seq. Il pacchetto RSEM fornisce un'interfaccia
facile da usare, gestisce i thread per il calcolo parallelo dell'algoritmo
EM, dati di lettura a terminali accoppiati e singoli, punteggi di qualità,
letture a lunghezza variabile e stima RSPD. Inoltre, fornisce stime per la
media a posteriori e per l'intervallo di confidenza al 95% per i livelli di
espressione. Per la visualizzazione, può generare file BAM e Wiggle sia in
coordinate dei trascritti sia in coordinate genomiche. I file in coordinate
genomiche possono essere visualizzati sia dal navigatore UCSC Genome sia
dall'Integrative Genomics Viewer (IGV) del Broad Institute. I file in
coordinate dei trascritti possono essere visualizzati da IGV. RSEM ha anche
i propri script per generare grafici della profondità di lettura dei
trascritti in formato PDF. La funzionalità che distingue RSEM è che i
grafici della profondità di lettura possono essere sovrapposti, con la
profondità di lettura attribuibile a letture uniche mostrata in nero e
quella attribuibile a letture multiple mostrata in rosso.
Inoltre, i modelli dedotti dai dati possono anche essere visualizzati.
Ultimo, ma non meno importante, RSEM contiene un simulatore.
