Package: atac (0~20150903+r2013-8 and others)
Links for atac
Debian Resources:
Download Source Package kmer:
- [kmer_0~20150903+r2013-8.dsc]
- [kmer_0~20150903+r2013.orig.tar.gz]
- [kmer_0~20150903+r2013-8.debian.tar.xz]
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [kmer.sourceforge.net]
Similar packages:
confronto di genomi assemblaggio-verso-assemblaggio
atac calcola un allineamento uno-a-uno per coppie di grandi sequenze di DNA. Prima trova i k-meri unici in ciascuna sequenza, li concatena in blocchi più grandi e riempie gli spazi tra i blocchi. È stato scritto principalmente per trasferire annotazioni tra diversi assemblaggi del genoma umano.
L'output è un insieme di "corrispondenze" senza interruzioni e un insieme di "successioni" con interruzioni formate dalle corrispondenze. Ciascuna corrispondenza o successione associa una sequenza con l'altra sequenza. L'associazione è "unica" nel senso che non ci sono altre associazioni (di dimensioni considerevoli) per l'una o l'altra sequenza. Perciò, grandi ripetizioni e duplicazioni non sono presenti nell'output, appaiono come regioni non mappate.
Sebbene l'output sia sempre a coppie, atac può tenere in cache i risultati intermedi per velocizzare il confronto di sequenze multiple.
Questo pacchetto fa parte della suite Kmer.
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- dati d'esempio per l'insieme kmer di strumenti per l'analisi di sequenze di DNA
Download atac
| Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|---|
| armhf | 0~20150903+r2013-8+b1 | 337.1 kB | 2,064.0 kB | [list of files] |