Package: ggd-utils (1.0.0+ds-1 and others)

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programmi per l'uso in ggd

Accetta un file di genoma e (attualmente) un .vcf.gz o un .bed.gz e verifica che:

    * sia presente un .tbi;
    * il VCF abbia ""##fileformat=VCF" come prima riga;
    * il VCF abbia un'intestazione #CHROM;
    * i cromosomi siano nell'ordine specificato dal file del genoma (e
      presenti);
    * le posizioni siano ordinate;
    * le posizioni siano <= delle lunghezze dei cromosomi definiti nel file
      del genoma.

Come risultato, ogni nuovo genoma passato a GGD ha un file .genome che detta l'ordine di ordinamento e la presenza o assenza del prefisso "chr" per i cromosomi.

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arm64	1.0.0+ds-1+b6	1,530.8 kB	4,842.0 kB	[list of files]
armel	1.0.0+ds-1+b6	1,515.0 kB	4,907.0 kB	[list of files]
armhf	1.0.0+ds-1+b6	1,507.8 kB	4,883.0 kB	[list of files]
i386	1.0.0+ds-1+b6	1,651.4 kB	4,956.0 kB	[list of files]
mips64el	1.0.0+ds-1+b6	1,379.6 kB	5,565.0 kB	[list of files]
mipsel	1.0.0+ds-1+b6	1,412.2 kB	5,462.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.0.0+ds-1+b6	1,497.5 kB	4,905.0 kB	[list of files]
s390x	1.0.0+ds-1+b6	1,619.4 kB	5,246.0 kB	[list of files]