Paquet : sga (0.10.15-7 et autres) [debports]
Liens pour sga
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Ressources externes :
- Page d'accueil [github.com]
Paquets similaires :
de novo genome assembler that uses string graphs
The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.
SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.
Autres paquets associés à sga
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- dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)
- bibliothèque dynamique de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
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- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1)
- bibliothèque de prise en charge de GCC
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- dep: libgomp1 (>= 6)
- bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
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- dep: libstdc++6 (>= 11)
- bibliothèque standard C++ de GNU v3
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- dep: perl
- langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall
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- dep: python3
- langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
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- dep: python3-pysam
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
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- dep: python3-ruffus
- Python3 computation pipeline library widely used in bioinformatics
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- dep: samtools
- traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Bibliothèque de compression - binaires
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- rec: abyss
- assembleur de séquences de novo parallèles pour les lectures courtes
Télécharger sga
| Architecture | Version | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
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| m68k (portage non officiel) | 0.10.15-7+b1 | 775,3 ko | 2 407,0 ko | [liste des fichiers] |