Pakiet: sga (0.10.15-7 i inne) [debports]
Odnośniki dla sga
Zasoby systemu Debian:
Pobieranie pakietu źródłowego :
Nie znalezionoOpiekunowie:
Zasoby zewnętrzne:
- Strona internetowa [github.com]
Podobne pakiety:
de novo genome assembler that uses string graphs
The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.
SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.
Inne pakiety związane z sga
|
|
|
|
-
- dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)
- dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1)
- Biblioteka wspomagająca GCC
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)
-
- dep: libstdc++6 (>= 11)
- Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
-
- dep: perl
- praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla
-
- dep: python3
- Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)
-
- dep: python3-pysam
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
-
- dep: python3-ruffus
- Python3 computation pipeline library widely used in bioinformatics
-
- dep: samtools
- Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze
-
- rec: abyss
- Nowy, równoległy, sekwencyjny asembler do krótkich odczytów
Pobieranie sga
| Architektura | Wersja | Rozmiar pakietu | Rozmiar po instalacji | Pliki |
|---|---|---|---|---|
| m68k (port nieoficjalny) | 0.10.15-7+b1 | 775,3 KiB | 2 407,0 KiB | [lista plików] |