Paquet : lumpy-sv (0.3.1+dfsg-7 et autres)

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general probabilistic framework for structural variant discovery

LUMPY, a novel SV discovery framework that naturally integrates multiple SV signals jointly across multiple samples. LUMPY yields improved sensitivity, especially when SV signal is reduced owing to either low coverage data or low intra-sample variant allele frequency.

Autres paquets associés à lumpy-sv

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: bamkit

tools for common BAM file manipulations
dep: libbamtools2.4.0 [sparc64]

Paquet indisponible
dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [hppa, ppc64]

Paquet indisponible
dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [non hppa, ppc64, sparc64]

bibliothèque dynamique de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)
dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, ppc64, sparc64]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, hppa, ia64, ppc64, sh4, sparc64]

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libcurl4 (>= 7.16.2) [hppa, sparc64]

bibliothèque de transfert par URL côté client et simple d'utilisation - avec OpenSSL
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, x32]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream
dep: libhts3 (>= 1.10) [hppa, ppc64, sparc64]

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libhts3t64 (>= 1.17) [non hppa, ppc64, sparc64]

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libssl1.1 (>= 1.1.0) [hppa, sparc64]

Paquet indisponible
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non hppa, ppc64, sparc64]

bibliothèque standard C++ de GNU v3

dep: libstdc++6 (>= 9) [hppa, ppc64, sparc64]
dep: libunwind8 [ia64]

bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
dep: python3-numpy

gestion rapide des tableaux pour le langage Python – Python 3
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: samblaster

marks duplicates, extracts discordant/split reads
dep: samtools

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [hppa, sparc64]

Bibliothèque de compression - binaires

rec: sambamba

tools for working with SAM/BAM data

Télécharger lumpy-sv

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	0.3.1+dfsg-7+b1	185,1 ko	806,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	0.3.1+dfsg-7+b1	205,3 ko	689,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	0.3.1+dfsg-7+b1	168,9 ko	677,0 ko	[liste des fichiers]
armel	0.3.1+dfsg-7+b1	162,2 ko	567,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	0.3.1+dfsg-7+b1	169,2 ko	443,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	0.3.1+dfsg-1	192,6 ko	673,0 ko	[liste des fichiers]
i386	0.3.1+dfsg-7+b1	221,6 ko	735,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	0.3.1+dfsg-7+b1	238,6 ko	1 187,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	0.3.1+dfsg-7+b1	184,6 ko	627,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	0.3.1+dfsg-7+b1	175,8 ko	777,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	0.3.1+dfsg-1	182,5 ko	803,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	0.3.1+dfsg-7+b1	194,5 ko	805,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	0.3.1+dfsg-7+b2	189,7 ko	537,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	0.3.1+dfsg-7+b1	222,3 ko	676,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	0.3.1+dfsg-1	151,6 ko	584,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	0.3.1+dfsg-7+b1	211,4 ko	671,0 ko	[liste des fichiers]