Paket: lumpy-sv (0.3.1+dfsg-7 und andere)

Links für lumpy-sv

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Quellcode-Paket lumpy-sv herunterladen:

Betreuer:

Externe Ressourcen:

Homepage [github.com]

general probabilistic framework for structural variant discovery

LUMPY, a novel SV discovery framework that naturally integrates multiple SV signals jointly across multiple samples. LUMPY yields improved sensitivity, especially when SV signal is reduced owing to either low coverage data or low intra-sample variant allele frequency.

Andere Pakete mit Bezug zu lumpy-sv

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: bamkit

tools for common BAM file manipulations
dep: libbamtools2.4.0 [sparc64]

Paket nicht verfügbar
dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [hppa, ppc64]

Paket nicht verfügbar
dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [nicht hppa, ppc64, sparc64]

dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, ppc64, sparc64]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, hppa, ia64, ppc64, sh4, sparc64]

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libcurl4 (>= 7.16.2) [hppa, sparc64]

Einfach nutzbare Client-Bibliothek für URL-Übertragungen (OpenSSL-Variante)
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, x32]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC Support-Bibliothek
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

GCC Support-Bibliothek
dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream
dep: libhts3 (>= 1.10) [hppa, ppc64, sparc64]

C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate
dep: libhts3t64 (>= 1.17) [nicht hppa, ppc64, sparc64]

C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate
dep: libssl1.1 (>= 1.1.0) [hppa, sparc64]

Paket nicht verfügbar
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nicht hppa, ppc64, sparc64]

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

dep: libstdc++6 (>= 9) [hppa, ppc64, sparc64]
dep: libunwind8 [ia64]

Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: python3-numpy

Fast array facility to the Python language (Python 3)
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: samblaster

marks duplicates, extracts discordant/split reads
dep: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [hppa, sparc64]

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

rec: sambamba

tools for working with SAM/BAM data

lumpy-sv herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	0.3.1+dfsg-7+b1	185,1 kB	806,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	0.3.1+dfsg-7+b1	205,3 kB	689,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	0.3.1+dfsg-7+b1	168,9 kB	677,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	0.3.1+dfsg-7+b1	162,2 kB	567,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	0.3.1+dfsg-7+b1	169,2 kB	443,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	0.3.1+dfsg-1	192,6 kB	673,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	0.3.1+dfsg-7+b1	221,6 kB	735,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	0.3.1+dfsg-7+b1	238,6 kB	1.187,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	0.3.1+dfsg-7+b1	184,6 kB	627,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	0.3.1+dfsg-7+b1	175,8 kB	777,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	0.3.1+dfsg-1	182,5 kB	803,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	0.3.1+dfsg-7+b1	194,5 kB	805,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	0.3.1+dfsg-7+b2	189,7 kB	537,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	0.3.1+dfsg-7+b1	222,3 kB	676,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	0.3.1+dfsg-1	151,6 kB	584,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	0.3.1+dfsg-7+b1	211,4 kB	671,0 kB	[Liste der Dateien]