Paquet : jellyfish (2.3.1-3 et autres)

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Paquets similaires :

count k-mers in DNA sequences

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

Autres paquets associés à jellyfish

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enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [non ia64]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non hppa, ia64, riscv64]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libhts3 (>= 1.10) [ia64]

C library for high-throughput sequencing data formats

dep: libhts3 (>= 1.17) [hppa]
dep: libhts3t64 (>= 1.17) [non hppa, ia64]

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.0-12) [ia64]

count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)

dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.1-2+b1) [hppa]

dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.1-3+b4) [non hppa, ia64]
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non ia64]

bibliothèque standard C++ de GNU v3

dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64]
dep: libunwind8 [ia64]

bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

Télécharger jellyfish

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	2.3.1-3+b4	775,6 ko	2 471,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.3.1-3+b4	694,0 ko	2 447,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	2.3.1-2+b1	682,7 ko	2 079,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	2.3.0-12	847,7 ko	5 022,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.3.1-3+b4	654,5 ko	3 084,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.3.1-3+b4	734,7 ko	2 895,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	2.3.1-3+b4	745,3 ko	1 947,0 ko	[liste des fichiers]