Paquet : jellyfish (2.3.1-4 et autres)

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Paquets similaires :

comptage de k-mères de séquences d’ADN

JELLYFISH est un outil pour un comptage rapide, peu gourmand en mémoire, de k-mères d’ADN. Un k-mère est une sous-chaine de longueur k, et le comptage des occurrences de toutes ces sortes de sous-chaines est une étape centrale dans beaucoup d’analyses d’ADN. JELLYFISH peut compter les k-mères en utilisant un ordre de grandeur moindre de mémoire et un ordre de grandeur de rapidité plus important que ceux des autres paquets de comptage de k-mères en utilisant un encodage efficace de table de hachage et en exploitant l’instruction de CPU « compare-and-swap » pour accroître le parallélisme.

JELLYFISH est un programme en ligne de commande qui lit les fichiers FASTA et multi-FASTA contenant des séquences d’ADN. Il produit les comptages de k-mères dans un format binaire pouvant être traduit dans un format textuel lisible humainement en utilisant la commande « jellyfish dump ».

Autres paquets associés à jellyfish

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.38)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non riscv64]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]
dep: libhts3t64 (>= 1.17)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.1-4+b1)

count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)
dep: libstdc++6 (>= 14)

bibliothèque standard C++ de GNU v3

Télécharger jellyfish

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	2.3.1-4+b1	788,6 ko	2 527,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.3.1-4+b1	709,1 ko	2 511,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.3.1-4+b1	746,0 ko	2 895,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	2.3.1-4+b1	755,3 ko	1 963,0 ko	[liste des fichiers]