Paquet : jellyfish (2.3.0-15 et autres)

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Paquets similaires :

comptage de k-mères de séquences d’ADN

JELLYFISH est un outil pour un comptage rapide, peu gourmand en mémoire, de k-mères d’ADN. Un k-mère est une sous-chaine de longueur k, et le comptage des occurrences de toutes ces sortes de sous-chaines est une étape centrale dans beaucoup d’analyses d’ADN. JELLYFISH peut compter les k-mères en utilisant un ordre de grandeur moindre de mémoire et un ordre de grandeur de rapidité plus important que ceux des autres paquets de comptage de k-mères en utilisant un encodage efficace de table de hachage et en exploitant l’instruction de CPU « compare-and-swap » pour accroître le parallélisme.

JELLYFISH est un programme en ligne de commande qui lit les fichiers FASTA et multi-FASTA contenant des séquences d’ADN. Il produit les comptages de k-mères dans un format binaire pouvant être traduit dans un format textuel lisible humainement en utilisant la commande « jellyfish dump ».

Autres paquets associés à jellyfish

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.34)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, i386]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]
dep: libhts3 (>= 1.10)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.0-15+b3)

count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)
dep: libstdc++6 (>= 11)

bibliothèque standard C++ de GNU v3

Télécharger jellyfish

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	2.3.0-15+b3	770,4 ko	2 475,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.3.0-15+b3	688,6 ko	2 379,0 ko	[liste des fichiers]
armel	2.3.0-15+b3	636,7 ko	1 849,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	2.3.0-15+b3	661,8 ko	1 433,0 ko	[liste des fichiers]
i386	2.3.0-15+b3	754,7 ko	2 261,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.3.0-15+b3	650,1 ko	3 144,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.3.0-15+b3	734,9 ko	2 955,0 ko	[liste des fichiers]