Paket: pizzly (0.37.3+ds-9 und andere)

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Homepage [github.com]

Identifies gene fusions in RNA sequencing data

For the interpretation of the transcriptome (the abundance and sequence of RNA) of tomour cells one is particularly interested in transcripts that cannot be mapped to single genes but that are seen to be fused as parts from two genes. Likely eplanations are chromosomal translocations.

Pizzly can identify novel such peculiarities, building on interpretations on variable splicing by the tool kallisto. Both tools are elements of the bcbio workflow.

Andere Pakete mit Bezug zu pizzly

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: kallisto

near-optimal RNA-Seq quantification
dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, ia64, sh4]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC Support-Bibliothek
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

GCC Support-Bibliothek
dep: libstdc++6 (>= 12) [nicht alpha, ia64, m68k, riscv64, sh4, sparc64]

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

dep: libstdc++6 (>= 12.2.0-12) [ia64, m68k, sparc64]

dep: libstdc++6 (>= 12.2.0-9) [alpha, sh4]

dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]
dep: libunwind8 [ia64]

Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

rec: python3-h5py

general-purpose Python interface to hdf5

pizzly herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	0.37.3+ds-9	271,7 kB	1.059,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	0.37.3+ds-9	285,5 kB	864,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	0.37.3+ds-9	248,9 kB	864,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	0.37.3+ds-9	268,7 kB	819,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	0.37.3+ds-9	342,3 kB	1.558,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	0.37.3+ds-9	258,3 kB	815,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	0.37.3+ds-9	246,3 kB	962,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	0.37.3+ds-9	280,6 kB	1.056,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	0.37.3+ds-9	285,1 kB	992,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	0.37.3+ds-9+b1	285,6 kB	725,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	0.37.3+ds-9	249,8 kB	876,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	0.37.3+ds-9	334,6 kB	864,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	0.37.3+ds-9	230,4 kB	1.062,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	0.37.3+ds-9	286,2 kB	815,0 kB	[Liste der Dateien]