Paket: kallisto (0.48.0+dfsg-4 und andere)

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Externe Ressourcen:

Homepage [pachterlab.github.io]

near-optimal RNA-Seq quantification

Kallisto is a program for quantifying abundances of transcripts from RNA-Seq data, or more generally of target sequences using high-throughput sequencing reads. It is based on the novel idea of pseudoalignment for rapidly determining the compatibility of reads with targets, without the need for alignment. On benchmarks with standard RNA-Seq data, kallisto can quantify 30 million human reads in less than 3 minutes on a Mac desktop computer using only the read sequences and a transcriptome index that itself takes less than 10 minutes to build. Pseudoalignment of reads preserves the key information needed for quantification, and kallisto is therefore not only fast, but also as accurate than existing quantification tools. In fact, because the pseudoalignment procedure is robust to errors in the reads, in many benchmarks kallisto significantly outperforms existing tools.

Andere Pakete mit Bezug zu kallisto

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, m68k, x32]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, x32]
dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, s390x, x32]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC Support-Bibliothek
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

GCC Support-Bibliothek
dep: libhts3 (>= 1.10) [alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate
dep: libhts3t64 (>= 1.17) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x]

C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate
dep: libstdc++6 (>= 11) [alpha, ia64, sparc64]

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

dep: libstdc++6 (>= 13.1) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x]

dep: libstdc++6 (>= 6) [hppa, m68k, sh4, x32]
dep: libunwind8 [ia64]

Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

kallisto herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	0.48.0+dfsg-4	262,0 kB	918,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	0.48.0+dfsg-4+b1	279,7 kB	805,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	0.48.0+dfsg-4+b1	241,5 kB	725,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	0.46.2+dfsg-3	238,2 kB	676,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	0.48.0+dfsg-2	347,0 kB	1.520,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	0.46.2+dfsg-3	228,3 kB	656,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	0.48.0+dfsg-4+b3	239,4 kB	883,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	0.48.0+dfsg-4+b1	280,0 kB	981,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	0.48.0+dfsg-4+b1	284,1 kB	917,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	0.48.0+dfsg-4+b2	270,6 kB	625,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	0.48.0+dfsg-4+b1	280,6 kB	833,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	0.46.2+dfsg-3	282,5 kB	633,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	0.48.0+dfsg-4	228,0 kB	1.050,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	0.46.2+dfsg-3	233,0 kB	644,0 kB	[Liste der Dateien]