Пакет: pizzly (0.37.3+ds-9 и другие)

Ссылки для pizzly

Ресурсы Debian:

Исходный код pizzly:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [github.com]

Подобные пакеты:

Identifies gene fusions in RNA sequencing data

For the interpretation of the transcriptome (the abundance and sequence of RNA) of tomour cells one is particularly interested in transcripts that cannot be mapped to single genes but that are seen to be fused as parts from two genes. Likely eplanations are chromosomal translocations.

Pizzly can identify novel such peculiarities, building on interpretations on variable splicing by the tool kallisto. Both tools are elements of the bcbio workflow.

Другие пакеты, относящиеся к pizzly

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: kallisto

near-optimal RNA-Seq quantification
dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

вспомогательная библиотека GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

вспомогательная библиотека GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

вспомогательная библиотека GCC
dep: libstdc++6 (>= 12) [не alpha, ia64, m68k, riscv64, sh4, sparc64]

стандартная библиотека GNU C++ версии 3

dep: libstdc++6 (>= 12.2.0-12) [ia64, m68k, sparc64]

dep: libstdc++6 (>= 12.2.0-9) [alpha, sh4]

dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]
dep: libunwind8 [ia64]

library to determine the call-chain of a program - runtime
dep: python3

интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

библиотека сжатия

rec: python3-h5py

general-purpose Python interface to hdf5

Загрузка pizzly

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	0.37.3+ds-9	271,7 Кб	1 059,0 Кб	[список файлов]
amd64	0.37.3+ds-9	285,5 Кб	864,0 Кб	[список файлов]
arm64	0.37.3+ds-9	248,9 Кб	864,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	0.37.3+ds-9	268,7 Кб	819,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	0.37.3+ds-9	342,3 Кб	1 558,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	0.37.3+ds-9	258,3 Кб	815,0 Кб	[список файлов]
mips64el	0.37.3+ds-9	246,3 Кб	962,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	0.37.3+ds-9	280,6 Кб	1 056,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	0.37.3+ds-9	285,1 Кб	992,0 Кб	[список файлов]
riscv64	0.37.3+ds-9+b1	285,6 Кб	725,0 Кб	[список файлов]
s390x	0.37.3+ds-9	249,8 Кб	876,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	0.37.3+ds-9	334,6 Кб	864,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	0.37.3+ds-9	230,4 Кб	1 062,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	0.37.3+ds-9	286,2 Кб	815,0 Кб	[список файлов]