Paket: last-align (1642-1 und andere)
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Quellcode-Paket last-align herunterladen:
Betreuer:
- Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
- Charles Plessy (QS-Seite)
- Andreas Tille (QS-Seite)
- Nilesh Patra (QS-Seite)
Externe Ressourcen:
- Homepage [gitlab.com]
Ähnliche Pakete:
Vergleich biologischer Sequenzen für Genome
LAST ist eine Software für den Vergleich und die Alignierung von Sequenzen, in der Regel DNA- oder Protein-Sequenzen. LAST ähnelt BLAST, kommt jedoch besser mit sehr großen Mengen an Sequenzdaten zurecht. Hier sind zwei Dinge, die LAST gut beherrscht:
* Vergleich großer Genome (z.B. von Säugetieren). * Kartierung viele Sequenz-Markierungen auf einem Genom.
Die wichtigste technische Neuerung ist, dass LAST erste Übereinstimmungen auf der Grundlage ihrer Vielfachheit findet, anstatt eine feste Größe zu verwenden (z.B. verwendet BLAST 10-mere). Dies ermöglicht es, Markierungen (Tags) ohne wiederholte Maskierung (repeat-masking) auf Genome anzuwenden, ohne durch wiederholte Treffer überschüttet zu werden. Um diese Übereinstimmungen variabler Größe zu finden, verwendet es ein von Vmatch inspiriertes Suffix-Array. Um eine hohe Empfindlichkeit zu erreichen, verwendet LAST ein nicht zusammenhängendes Suffix-Array, analog zu »spaced seeds«.
Andere Pakete mit Bezug zu last-align
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- dep: libc6 (>= 2.29) [x32]
- GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.38) [nicht alpha, ia64, loong64, sh4, x32]
- dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]
- dep: libc6 (>= 2.41) [loong64]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
- GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht alpha, hppa, ia64, m68k, riscv64, sh4, sparc64]
- GCC Support-Bibliothek
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]
-
- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- GCC Support-Bibliothek
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC Support-Bibliothek
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nicht x32]
- GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
- dep: libstdc++6 (>= 6) [x32]
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit
-
- dep: python3 [nicht x32]
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nicht hppa, m68k, sh4]
- Kompressions-Bibliothek - Laufzeit
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [hppa, m68k, sh4]
-
- rec: parallel
- build and execute command lines from standard input in parallel
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- rec: python3 [x32]
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- rec: python3-pil
- Python3-Bildbearbeitungsbibliothek
last-align herunterladen
| Architektur | Version | Paketgröße | Größe (installiert) | Dateien |
|---|---|---|---|---|
| alpha (inoffizielle Portierung) | 1642-1 | 767,8 kB | 2.919,0 kB | [Liste der Dateien] |
| amd64 | 1642-1 | 1.780,8 kB | 15.137,0 kB | [Liste der Dateien] |
| arm64 | 1642-1 | 705,3 kB | 2.400,0 kB | [Liste der Dateien] |
| hppa (inoffizielle Portierung) | 1608-1 | 765,0 kB | 2.424,0 kB | [Liste der Dateien] |
| ia64 (inoffizielle Portierung) | 1542-1 | 901,5 kB | 4.395,0 kB | [Liste der Dateien] |
| loong64 (inoffizielle Portierung) | 1642-1 | 762,2 kB | 2.720,0 kB | [Liste der Dateien] |
| m68k (inoffizielle Portierung) | 1608-1 | 725,3 kB | 2.849,0 kB | [Liste der Dateien] |
| mips64el | 1642-1 | 738,8 kB | 2.977,0 kB | [Liste der Dateien] |
| ppc64 (inoffizielle Portierung) | 1642-1 | 772,5 kB | 3.041,0 kB | [Liste der Dateien] |
| ppc64el | 1642-1 | 795,7 kB | 2.977,0 kB | [Liste der Dateien] |
| riscv64 | 1642-1 | 761,7 kB | 2.009,0 kB | [Liste der Dateien] |
| s390x | 1642-1 | 834,1 kB | 2.808,0 kB | [Liste der Dateien] |
| sh4 (inoffizielle Portierung) | 1608-1 | 837,8 kB | 2.585,0 kB | [Liste der Dateien] |
| sparc64 (inoffizielle Portierung) | 1642-1 | 686,3 kB | 6.831,0 kB | [Liste der Dateien] |
| x32 (inoffizielle Portierung) | 1179-1 | 781,3 kB | 4.097,0 kB | [Liste der Dateien] |