Paket: last-align (1447-1 und andere)
Links für last-align
Debian-Ressourcen:
Quellcode-Paket last-align herunterladen:
Betreuer:
- Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
- Charles Plessy (QS-Seite)
- Andreas Tille (QS-Seite)
- Nilesh Patra (QS-Seite)
Externe Ressourcen:
- Homepage [gitlab.com]
Ähnliche Pakete:
Vergleich biologischer Sequenzen für Genome
LAST ist eine Software für den Vergleich und die Alignierung von Sequenzen, in der Regel DNA- oder Protein-Sequenzen. LAST ähnelt BLAST, kommt jedoch besser mit sehr großen Mengen an Sequenzdaten zurecht. Hier sind zwei Dinge, die LAST gut beherrscht:
* Vergleich großer Genome (z.B. von Säugetieren). * Kartierung viele Sequenz-Markierungen auf einem Genom.
Die wichtigste technische Neuerung ist, dass LAST erste Übereinstimmungen auf der Grundlage ihrer Vielfachheit findet, anstatt eine feste Größe zu verwenden (z.B. verwendet BLAST 10-mere). Dies ermöglicht es, Markierungen (Tags) ohne wiederholte Maskierung (repeat-masking) auf Genome anzuwenden, ohne durch wiederholte Treffer überschüttet zu werden. Um diese Übereinstimmungen variabler Größe zu finden, verwendet es ein von Vmatch inspiriertes Suffix-Array. Um eine hohe Empfindlichkeit zu erreichen, verwendet LAST ein nicht zusammenhängendes Suffix-Array, analog zu »spaced seeds«.
Andere Pakete mit Bezug zu last-align
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht armel, armhf, i386, mipsel]
- GCC Support-Bibliothek
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
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- dep: libstdc++6 (>= 11)
- GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
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- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Kompressions-Bibliothek - Laufzeit
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- rec: parallel
- build and execute command lines from standard input in parallel
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- rec: python3-pil
- Python3-Bildbearbeitungsbibliothek
last-align herunterladen
| Architektur | Version | Paketgröße | Größe (installiert) | Dateien |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 1447-1+b1 | 2.512,1 kB | 27.024,0 kB | [Liste der Dateien] |
| arm64 | 1447-1+b1 | 722,5 kB | 3.791,0 kB | [Liste der Dateien] |
| armel | 1447-1+b1 | 668,9 kB | 3.675,0 kB | [Liste der Dateien] |
| armhf | 1447-1+b1 | 658,5 kB | 2.723,0 kB | [Liste der Dateien] |
| i386 | 1447-1+b1 | 3.890,9 kB | 32.226,0 kB | [Liste der Dateien] |
| mips64el | 1447-1+b1 | 770,4 kB | 4.886,0 kB | [Liste der Dateien] |
| mipsel | 1447-1+b1 | 731,2 kB | 4.846,0 kB | [Liste der Dateien] |
| ppc64el | 1447-1+b1 | 823,9 kB | 4.879,0 kB | [Liste der Dateien] |
| s390x | 1447-1+b1 | 762,4 kB | 4.331,0 kB | [Liste der Dateien] |