Pakiet: last-align (1642-1 i inne)

Odnośniki dla last-align

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego last-align:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [gitlab.com]

Podobne pakiety:

Porównywanie sekwencji biologicznych w skali genomu

LAST jest oprogramowaniem służącym do porównywania i dopasowywania sekwencji, zazwyczaj DNA lub białek. LAST jest podobny do programu BLAST, ale lepiej radzi sobie z bardzo dużymi ilościami danych sekwencyjnych. Poniżej wymieniono dwie czynności, w których LAST dobrze się spisuje:

 * Porównywanie dużych genomów (np. u ssaków).
 * Odwzorowywanie wielu znaczników sekwencji z genomu.

Główna innowacja techniczna polega na tym, że LAST wyszukuje wstępne dopasowania na podstawie liczby ich wystąpień zamiast używania stałego rozmiaru (np. BLAST używa 10 mer). LAST pozwala na pojedyncze odwzorowywanie znaczników z genomów bez konieczności wielokrotnego maskowania oraz przeciążania programu powtarzającymi się wynikami. Do wyszukiwania tych zmiennorozmiarowych dopasowań wykorzystuje tablicę sufiksów (inspirowaną na Vmatch). Aby osiągnąć wysoką czułość wykorzystuje tablicę sufiksów niesąsiadujących, analogicznie do rozmieszczania nasion.

Znaczniki: Biologia: Kwasy nukleinowe, Dziedzina: Biologia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Rola: Program

Inne pakiety związane z last-align

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, ia64, loong64, sh4, x32]

dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64]
dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie alpha, hppa, ia64, m68k, riscv64, sh4, sparc64]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie x32]

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

dep: libstdc++6 (>= 6) [x32]
dep: libunwind8 [ia64]

Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe
dep: python3 [nie x32]

Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nie hppa, m68k, sh4]

Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [hppa, m68k, sh4]

rec: parallel

build and execute command lines from standard input in parallel
rec: python3 [x32]

Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)
rec: python3-pil

Biblioteka obrazowania w Pythonie (Python 3)

Pobieranie last-align

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1642-1	767,8 KiB	2 919,0 KiB	[lista plików]
amd64	1642-1	1 780,8 KiB	15 137,0 KiB	[lista plików]
arm64	1642-1	705,3 KiB	2 400,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1608-1	765,0 KiB	2 424,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1542-1	901,5 KiB	4 395,0 KiB	[lista plików]
loong64 (port nieoficjalny)	1642-1	762,2 KiB	2 720,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1608-1	725,3 KiB	2 849,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1642-1	738,8 KiB	2 977,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1642-1	772,5 KiB	3 041,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1642-1	795,7 KiB	2 977,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1642-1	761,7 KiB	2 009,0 KiB	[lista plików]
s390x	1642-1	834,1 KiB	2 808,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1608-1	837,8 KiB	2 585,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1642-1	686,3 KiB	6 831,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1179-1	781,3 KiB	4 097,0 KiB	[lista plików]